财务报表审计收费一直是注册会计师与被审计单位共同关注的焦点，随着内部控制研究领域的发展，内部控制质量的高低对财务报表审计收费的影响渐渐进入公众的视线。2012年8月，财政部等五部委联合发布了内部控制的新制度。在新制度下，我国对内部控制审计的要求由自愿实施转变为部分强制实施（国有控股上市公司强制实施，非国有控股上市公司自愿实施）。正是这种转变，为研究我国内部控制质量对财务报表审计收费的影响提供了一个新的现实背景。本位基于2012年中国A股上市公司的数据和信息，运用实证研究方法，分析在新制度下我国上市公司内部控制质量对财务报表审计收费的影响。研究表明：内部控制质量与财务报表审计收费显著负相关，即内部控制质量越高，财务报表审计收费越低。同时研究还发现，内部控制质量对财务报表审计收费的影响在强制政策披露政策下显著负相关，而在自愿披露政策下负相关但不显著。进一步研究发现，在强制披露政策下出具内部控制审计报告的上市公司，有76.28%披露了内部控制审计收费；而在自愿披露政策下出具内部控制审计报告的上市公司，有43.43%未按要求披露内部控制审计收费。这就表明，注册会计师虽然出具了无保留意见的内部控制审计报告，但由于被审计单位未披露支付给注册会计师的相应报酬，很可能注册会计师并没有实施实际的内部控制评估，其出具的内部控制审计报告也就无法真实的传递出上市公司内部控制质量高低的信息。这使得在自愿披露政策下，内部控制质量对财务表审计收费的影响不显著。本文的研究不仅是对现有财务报表审计收费研究的一个补充，同时是对新制度在我国资本市场实施效果的一个检验。本文的研究结果对政策制定者、投资者以及公司管理层的决定和决策都有着一定程度上的理论意义和现实意义。