改革开放后实行的家庭联产承包责任制给我国的农业生产力带来了巨大的解放,促进了农村经济的巨大发展。但是,随着经济的不断发展,农业的这种经营体制的弊端也逐渐显露出来,小生产与大市场的矛盾越来越突出。土地这种稀缺的生产要素被分割在农户这个小的生产单位内,没有按市场机制进行配置,从而利用效率比较低。为了解决个矛盾,就要使土地打破家庭这个界限,在市场机制下得到配置。农村土地流转就是适应这一要求的产物。目前,我国农村土地流转存在多种形式和途径。但是,土地流转的规模还很小,发展不够快。这主是因为土地流转还很不规范,存在许许多的问题,其中最重要的是农民权益保护不足。农民权益保护问题不仅是一个重要的经济问题,也是一个严肃的政治问题。社会主义新农村建设的主要任务是增加农民收入,在农地流转中必须承认和保护农民的权益,经济建设不能再走剥夺农民权益的老路子。同时,农民权益保护不足会使农民对土地流转缺乏积极性,不能发挥其能动性和创造性,不利于土地流转有效进行。本文首先从理论和现实的角度,来寻找土地流转中农民权益遭到侵害的原因。这其中最根本的是农民在土地流转中的主体地位得不到保证,而这很重要的程度上又是由于农民组织化程度低。我国农民人口虽然数量众多,但在现阶段的经营制度下,他们是分散的,缺乏组织性,这使他们在土地流转中和相关利益主体进行博弈时力量很小,无法保护自身的合法权益。从法律上看,土地是属于一定范围内农民集体所有,但是,并不存在一个代表农民集体来行使土地集体所有权的真正主体,致使土地集体所有权被虚化,在现实中往往被基层政府或村委会所代替,而他们的利益和农民的利益不是完全一致的。从土地流转的交易过程看,分散的农民素质低,力量小,无力自由进入土地流转市场,也无力在市场中进行公平的交易,无法维护自身的土地权益。因此,要保护土地流转中农民的权益,必须要把农民有效组织起来。然后,文章就探讨土地流转中农民组织化的制度构建问题。在农村土地的产权建设中,要建立一个有效的农民组织来作为土地集体所有权的真实主体。在土地流转市场建设和实际交易过种中,寻求建立土地流转的合作化机制,主要思索如何建立规范而高效的土地流转合作社。分散的农民通过土地流转合作社进入土地流转市场,这样才能平等而公平地进行交易,保护自身的合法土地权益。