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枸杞（Lycium bararum L.）是隶属茄科（Solanaceae）枸杞属（lycium）的一种多年生落叶分枝小灌木。它是我国重要的药用观赏植物植物之一，具有较高的药用价值、食用价值和观赏价值。本研究以35个枸杞品种（系）为材料，选用鉴定能力最强且具有广泛应用价值的SRAP和SSR技术，探索在枸杞品种（系）的标记特征及其在品种（系）鉴定和遗传关系推测方面的应用，旨在为枸杞杂交育种亲本选择、品种鉴定、新品保护和品种分类等提供理论参考和技术指导。其主要研究结果如下：1.枸杞SRAP和SSR技术体系的建立和优化（1）建立了枸杞SRAP反应体系（20μL）：1.5mmol·L-1Mg2+、1×PCR buffer、50ng DNA模板、0.3mmol·L-1dNTPs、0.3μmol·L-1引物和1.0U Taq DNA聚合酶。枸杞SRAP-PCR扩增程序是：94℃预变性3min；94℃变性1min，35℃退火1min，72℃延伸2min，5个循环；94℃变性1min，50℃退火1min，72℃延伸2min，35个循环；循环结束后，72℃延伸7min，4℃保存。（2）建立了枸杞SSR反应体系（20μL）：1.5mmol·L-1Mg2+、1×PCR buffer、50ng DNA模板、0.2mmol·L-1dNTPs、0.2μmol·L-1引物和1.0U Taq DNA聚合酶。枸杞SSR-PCR扩增程序是：94℃预变性3min；94℃变性30s，50℃复性30s（不同引物设定不同的退火温度），72℃延伸1min，34个循环；循环结束后，72℃延伸7min，4℃保存。2．基于SRAP技术的枸杞品种（系）鉴定及其亲缘关系分析（1）SRAP多态性结果：10对SRAP引物在35个枸杞品种（系）中共扩增出49条带，平均每对引物扩增出4.9条，其中43条为多态性（87.7%），每对引物扩增多态性的条带数介于16之间，平均为4.3条。多态性比率范围在50%（Me1/Em4）100%（Me2/Em5，Me3/Em6和Me6/Em1）之间。（2）SRAP分子鉴定结果：选用10对SRAP引物组合，每对引物组合鉴定效率和能够区分的品种（系）的数目不同。引物Me3/Em6和Me4/Em2组合的鉴别效率最高为20%，能够区分品种数为7个；引物Me1/Em4鉴别效率最低为2.8%，仅能够区分品种数为1个。所有引物相互组合可鉴别18个品种（系）。没有检测到完全区分所有供试品种（系）的单引物组合。（3）SRAP标记聚类结果：在遗传相似系数以0.82为阈值时，将供材料分为6大类群，其中第Ⅰ大类群中包括27份种质材料，主要是宁夏枸杞栽培品种和09品系，另外黄果枸杞与黑果枸杞也聚类在这一大类；第Ⅱ类群中包括了2份种质材料，它们是新疆枸杞和白花枸杞；第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类群中各有1份种质材料，它们依次是云南枸杞、柱筒枸杞和蔓生枸杞；第Ⅵ类群中包括2份种质材料，它们是中国枸杞和北方枸杞。SRAP聚类结果与植物形态聚类结果基本相符合。3.基于SSR技术的枸杞品种（系）鉴定及其亲缘关系分析（1）SSR多态性结果：10对引物在35个枸杞品种（系）中共扩增出65条带，其全部为多态性条带，平均多态性比率高达100%。每对引物扩增多态性条带数介于312条之间，平均为6.5条。其中引物SF30扩增出条带数最多，为12条，其次为引物SF80为11条，而引物SF21和引物SF68扩增条带数最少，均为3条。多态信息含量（PIC）的变化范围在0.4030.806之间，平均为0.630，其中引物SF80的PIC值最高为0.806，引物SF11的PIC值最低为0.403。（2）SSR分子鉴定结果：筛选出10对SSR引物鉴别品种数在314个之间，鉴别效率范围在8.5%40%之间，其中引物SF30的鉴别效率最高为40%，可区分品种（系）数14个，引物SF11和引物SF21的鉴别效率最低均为8.5%，可鉴别的品种数3个。（3）SSR标记聚类结果：以遗传相似系数0.68为阈值，将供试材料划分为6大类群，第Ⅰ大类群包括30份种质材料，其主要也多为宁夏枸杞栽培品系（6份）和09品系（20份），另外包括4份枸杞野生种，是黄果枸杞、黑果枸杞、新疆枸杞和白花枸杞；第Ⅱ、第Ⅲ、第Ⅳ、第Ⅴ和第Ⅵ大类群各有包括1份种质，它们依次是云南枸杞、柱筒枸杞、蔓生枸杞、北方枸杞和中国枸杞。4. SRAP和SSR的标记在枸杞品种（系）鉴定及其应用比较在枸杞品种（系）分子鉴定中，SSR引物对的最大鉴别效率大于SRAP；每对SSR引物扩增多态性带数比SRAP多；基于SSR标记计算的遗传相似系数范围值比基于SRAP计算的遗传相似系数范围值大。因而，SSR技术在鉴定枸杞品种（系）可靠性和实用性比SRAP好,更好地揭示枸杞种质遗传多样性。