在癌症的多组学数据中存在的共生互斥非随机事件，也可称为组合对。目前，关于这些组合对系统的多组学水平研究还很缺乏。我们利用TCGA的遗传(突变及拷贝数变异)和表观遗传(DNA甲基化)数据识别非随机发生的组合对。经过Bonferroni矫正后，我们发现276,739对体细胞突变-DNA甲基化组合，和37462对拷贝数变异－DNA甲基化组合，和89对拷贝数变异-拷贝数变异组合，10对体细胞突变-体细胞突变组合，和1对体细胞突变-拷贝数变异组合。在体细胞突变-体细胞突变组合中，最显著的是CRIPAK和LATS2突变共生组合(P=1.81E-10)。在体细胞突变-拷贝数变异组合中，突变的KRTAP4-5和13qG互斥组合的阳性结果最强(P=3.06E-07)。我们还观察到了组合对中的变异有的是来自同一个基因，比如TP53的突变和拷贝数缺失共生组合，PMEPA1的拷贝数增加和低甲基化共生组合，SMAD4的拷贝数缺失和高甲基化共生组合；或是涉及到两个不同的基因的，例如HOXB6低甲基化和KRAS突变共生组合，ELF5低甲基化和PABPC1拷贝数增加共生组合，PMEPA1低甲基化和SMAD4突变互斥组合等。在癌症中，存在着合成致死，即两种非致死的可以控制细胞活力的变异同时发生导致细胞死亡的现象，这两种变异可称为合成致死对。我们在除了拷贝数变异－拷贝数变异的组合外的其它四个组学组合的互斥模型中，识别了32对合成致死对。我们还在体细胞突变－体细胞突变组合中发现7527对可以影响药物应答的突变共生组合。另外，我们观察到三对共生突变与预后相关；携带IRF5和NEFH共生突变(SYNE1和TTN突变，MUC16和NEFH突变)的结直肠癌患者有糟糕的生存结局，其中的SYNE1和TTN共生突变组合在我们的结果中显示会影响药物应答。除此之外，我们发现携带8qG和cg22667835(或cg02536065和cg04749372)位点低甲基化的患者预后较差，这种不好的预后也在同时携带cg24229707位点低甲基化和18pL的患者中观察到。我们希望这些组合对结果可以为结直肠癌的发生提供新的视角和为将来结直肠癌治疗开辟新的途径。