中越喀斯特地区具有复杂的地理环境和气候条件，是全球生物多样性热点区域之一。然而，对于该地区的生物类群的起源及演化的研究相对欠缺，有关生物对该区域的重大地质和气候事件的响应机制也尚无定论。本研究以中越喀斯特地区特有濒危物种——恋岩花属（Sinoacanthus）的六个物种:黄花恋岩花(S.lofouensis)、长柄恋岩花（S.longipes）、腺毛恋岩花（S.glandulosa）、谅山恋岩花（S.langsonensis）及平果恋岩花（S.pingguoensis）为材料，试图探究以上问题。本研究筛选了4对叶绿体非编码区引物:petL-psbE、trnQ-5rps16、3rps16-5trnK和ndh F-rpl32，以恋岩花属分布区的42个居群共计202个个体为研究材料，对其展开了叶绿体谱系地理学研究，以探讨其遗传多样性、遗传结构、物种形成、分化历史及其成因等问题，并依据这一研究基础提出了恋岩花属的保护策略。主要研究结果和结论如下:　　1、遗传多样性和遗传结构　　恋岩花属具有显著的地理结构（GST=0.640＜NST=0.916，P＜0.05）。分布区喀斯特多样化的生态位和较长进化历史（大约起源于中新世）使恋岩花属表现出很高的遗传多样性（hT=0.997，π=0.00762）。不同于物种/谱系间有较低水平的遗传分化，该属居群间具有很高分化水平。这可能与喀斯特“陆地-岛屿”结构、恋岩花属不完全谱系分选及其生物学特性（如种子依靠重力传播，各个物种间花期和海拔不一致）相关。　　2、恋岩花属系统发育关系及物种形成　　恋岩花属80种单倍型分为三个组:NW谱系分布在中国境内云南贵州交界的云贵高原上;NE谱系分布在广西与贵州交界地区的宜山弧附近，其黄花恋岩花分为N、W和E三个亚系;S谱系自越南北部，沿着广西弧及宜山弧西翼，到达贵州罗甸地区。NW谱系起源可能最古老。　　恋岩花属物种通过踏脚石模型进行居群扩张，物种形成方式为异域物种形成。长柄恋岩花（S.longipes）可能受第四纪冰期影响，自云贵高原南部冰期避难所向云南北部分化，形成显著的南北分异;黄花恋岩花(S.lofouensis)物种形成可能受云贵高原抬升、右江宽谷阻隔共同作用，通过长柄恋岩花异域分化形成;腺毛恋岩花（S.glandulosa）、谅山恋岩花（S.langsonensis）和平果恋岩花(S.pingguoensis)可能均由黄花恋岩花通过异域分化形成;龙州恋岩花(S.longzhouensis)则可能由长柄恋岩花通过异域分化形成，恋岩花属很有可能为生态物种形成。　　3、冰期避难所及迁移路线　　NW谱系冰期避难所可能为云南河口一带。NE谱系单倍型呈现“南退北迁”模式（冷期向南收缩-暖期向北扩张）和自西向东两种迁移路线（中国地形西高东低）。S谱系亦呈现“南退北迁”路线，S谱系及NE谱系融合带上的居群HC-CL较高的遗传多样性可能是基因渗透的结果，而非冰期避难所。　　4、居群扩张历史　　恋岩花属仅NE谱系W亚系经历了瓶颈效应和居群历史扩张事件。除此之外，恋岩花属其他居群的历史动态相对稳定，这一结果可能是喀斯特特殊“陆地-岛屿”生境阻隔了物种扩张。　　5、保护生物学意义　　位于云南河口、西畴、麻栗坡及广西靖西一带的长柄恋岩花，广西环江及贵州荔波一带的黄花恋岩花，越南宣光(Tuy(e)n Quang)的长柄恋岩花及广西宁明的龙州恋岩花可能是进化显著单元，在制定保护计划时需要加以重视。