论文的核心思想是基于语境来探讨生物学理论的结构问题,并最终提出一种语境论的生物学理论结构观。该观点主张,基于自然选择机制及其所涉基本概念的语境化过程是生物学理论建构过程的本质,而生物学语境是连续时空环境被分解后形成的认识维度,在这个维度内,生物学研究所体现的历史性和经验性才有可能结合,并达成对于所关注生物学现象的理解。此外,论文主张,语境论生物学理论观可以帮助摆脱当下生物学哲学研究所面临的还原论与实证主义困境,为学科研究提供一种新的方法论平台。在第一章开始,论文提出对于适应概念的使用是生物学理论语境依赖性的根源。首先在1.1中对“适应”这一概念进行了澄清,其中涉及了许多关于适应解释的讨论；1.2则进一步讨论了由于“适应”概念的使用而引入的目标指向性系统,并对目标指向性解释的合理性进行探讨；1.3则主要着重于探讨生物学说明中的功能定义以及依靠功能概念建立起的理论解释的合理性,并提出一种新的途径。第二章探讨了三种生物学中最具代表性的说明模型类型。这些模型类型都是以适应概念的语境化为基础而建立的。其中2.1探讨了基于群体的定量化进化模型；2.2则探讨了在行为领域发展起来的进化模型,即进化博弈理论。而2.3则是从微观、静态、定性的角度进行关于生物学机制模型的讨论。证明这些机制描述在生物学理论中具有不证自明的认识工具特性,深入分析了它们在生物学说明中所涉的本体论问题以及隐喻价值,提出理解它们的最佳方式就是进行功能语境的分析。第三章是关于多重语境中的自然选择。自然选择机制是所有从事生物学以及生物学哲学理论研究的研究者所无法回避的问题,也是充满概念误导与哲学争论的领域。3.1主要按照历史的脉络对自然选择机制逐渐被赋予的意义进行了逐步的澄清,最终的讨论落脚点主要放在了自然选择的动力学特征以及它所表达的原因机制上；3.2则从哲学的深度发掘自然选择机制的本质问题,包括这一机制是如何论证出来的,它是如何进行解释的,这一机制到底是决定论的还是非决定论的,以及从生物物理学角度所诠释的自然选择机制；3.3探讨了基于自然选择的进化理论中存在的实在论与工具主义之争,并最终提出一种中间道路来消弭二者的争论。第四章着力探讨因语境问题所导致的生物学理论难题。4.1通过探讨是否存在生物学理论的基本语义单元为切入点,证明了生物学理论的多元性源自于理论语境的多元性；4.2试图通过引入语境分析从而证明为何还原问题无法在生物学中得到解决的原因；4.3则是从信息与发育系统的两种途径来探讨基于它们的理论语境化是否能带来生物学理论的统一。第五章是整篇论文的核心,透过语境来探讨生物学理论的结构问题。5.1首先说明了生物学理论所带有的语境性特征；5.2则主要论证了生物学理论的不完备性,以及基于自然选择作为原因机制在生物学理论中具有普遍性；5.3正式提出语境论的生物学理论结构观。结束语在总结全文的基础上论证了语境论的生物学理论结构观所拥有的说明功能与发现功能,并就该观点可能的面临的方法论与认识论挑战进行了辩护。