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研究小麦种质在不同保存方式下遗传多样性与遗传结构的变化,为小麦种质资源收集及繁殖更新提供科学依据。采用9项农艺性状、35对与农艺性状相关的微卫星(SSR)标记及基因测序分析方法,对“长毛麦(白壳)”、“光头麦”、“温泉小麦1”、“温泉小麦2”、“温泉小麦3”5个小麦地方品种在农民种植、中期库及长期库三种不同保存方式下的13份材料,每份材料选取30个单株,进行遗传多样性与遗传结构的分析,主要结果如下：1.试验所用的5个小麦地方品种均为遗传异质性群体,SSR位点的异质度变异范围在5.71%-57.14%之间。对于遗传异质性的小麦地方品种,在遗传多样性和遗传结构等研究中,以单株为单位取样分析,可以获得更为科学的结论。异质度较高的小麦地方品种在收集及繁殖更新中需要保持较大的群体量。2.中期库与长期库保存方式下各测试品种在遗传多样性上无显著差异,农民种植保存过程中各品种多样性表现不同。农艺性状遗传多样性指数(H′)分析表明,中期库与长期库保存群体间比较,5个品种遗传多样性指数无显著差异；在农民种植保存方式下,“温泉小麦1”与“温泉小麦3”多样性指数显著降低(P<0.05),而“长毛麦(白壳)”三种不同保存方式下多样性指数无显著差异。SSR标记检测表明,5个品种中期库保存群体与长期库保存群体在基因多样性(He)上无显著差异。在农民种植保存方式下,“温泉小麦1”与“温泉小麦3”基因多样性显著降低(P<0.05),而“长毛麦(白壳)”三种保存方式下基因多样性无显著差异。3.研究表明三种不同保存方式下某些等位位点频率发生了变化。SSR位点多态性表现上,中期库保存方式下一些与粒重、产量、生育期相关的位点等位基因丢失,基因组成差异显著(P<0.05)。在农民种植保存过程中与产量、生育期、籽粒重、抗倒伏性、抗病性、穗长性状相关位点等位基因组成与频率差异显著。检测到多个与产量、生育期、粒重等相关SSR位点存在外在选择压力,外在选择压力导致这些等位位点频率变化,异质性降低,产量上有增加的趋势。农艺性状分析表明,“温泉小麦3”中期库保存群体株高和穗粒数较长期库群体显著增加(P<0.05)；“温泉小麦1”中期库保存群体穗长较长期库群体显著降低(P<0.05),而其他材料无显著差异。在农民种植保存与种质库两种保存方式比较,有效分蘖数、穗长、小穗数、穗粒数、千粒重等性状存在显著差异(P<0.05),农民种植过程中的选择可能是导致这些位点性状变化的主要原因。4.为了保证更新前、后种质的遗传完整性,根据等位位点频率变化和模型分析,建议对长期库保存小麦种质进行更新时每个品种至少应保持300个单株的群体。5.研究表明农民种植保存与库中保存方式间各品种遗传分化程度不同。“长毛麦(白壳)”遗传分化系数Gst=0.0436,为轻度分化；而“温泉小麦1”与“温泉小麦3”Gst在0.2823-0.4828间,分化较大,在调查收集中应慎重考虑,是否进行重新收集有待于进一步研究。