随着我国进入突发事件高危期，应急物流作为一种特殊的物流形态已逐渐成为一个值得重视和研究的新领域。分析应急物流系统的结构和功能，建立突发公共卫生事件下应急配送问题的分析方法与相应模型，对我国应急管理的保障与应急配送的完善都有十分重要的理论与实用价值。 本文选择突发公共卫生事件为研究对象。阐述了应急物流的特点和组成要素，探讨了应急物流系统的特性。详细研究了应急物流系统的功能设计和结构设计，通过系统结构示意图分析了该系统内五个重要要素。将应急物流系统和一般物流系统作出比照，总结归纳了应急物流系统的作业流程和配送程序。 本文按照突发公共卫生事件影响程度的不同，将应急物资配送算法分为有区域隔离和无区域隔离两种情况分别进行探讨。在发生重大突发性公共卫生事件，需要对某地区进行区域隔离时，研究了对隔离区内被困民众进行应急救援的物资配送方法。由于有隔离区的存在，应急物资的配送受到了限制，应急物资无法直接分发到被困民众手中。根据实际情况将整个应急物流分为两个部分：外围车辆路由问题和内部物资分发问题，构建了用于解决外围车辆路由问题的模型和用于解决内部物资分发问题的模型。在解决外围车辆路由问题时，将模型分割成两个子模型，通过对传统拉格朗日松弛迭代算法进行改进将两个子模型有机结合起来，较好地解决了问题。在解决内部物资分发模型时，采用改进后的聚类算法，从整体上对救援时间进行优化，使其更加适应有隔离区域时的实际情况。在发生一般性突发性公共卫生事件、不需要进行区域隔离时，研究了对受影响地区进行应急物资救援的应急物资配送模型及算法。 在对模型求解时，分为两步：一、配送中心与疫区(需求地区)间最快运输模式的选取；二、配送中心与疫区(需求地区)间最快应急物资运送的路径选择。对这两部分分别提出了优化算法。 采用C++开发了计算机仿真系统，对算法进行了仿真分析。对仿真系统的设计过程进行了详细说明，给出了程序设计流程图和程序结构框图。对有隔离区域和无隔离区域两种情况下的应急物资配送算例进行验证，并对计算结果进行了分析。结果表明，应用论文提出的应急物资配送算法能够有效减少应急救援的响应时间，较好地满足了突发公共卫生事件下受影响区域对应急物资的需求。