城乡建设用地增减挂钩是国家为解决近年来逐渐突出的城镇建设用地矛盾而提出的，具有改进农村经济发展滞后局面、促进土地合理化利用、破解保障与保护“两难”困境，促进城乡统筹发展的重大作用。这是关系到社稷民生的重大决策。基层政府作为政策的具体实施者，在增减挂钩中扮演着非常重要的角色，能够决定项目区的设置，资金的给付等等，具有很大的自由裁量权，可以说基层政府的任何一个相关动作都影响着增减挂钩政策的走向。由于政府自利性的存在，政府在执行实施增减挂钩政策的同时，自利性往往会借助行政权利得以膨胀，并由此产生了许多问题，例如强逼农民置换上楼、擅自增设挂钩指标，低买高卖等等。因此必须对政府自利性加以规范和克制，确保增减挂钩政策不偏向，保障农民权益和土地节约集约利用的真正实现。本文以公共选择和委托代理基础理论的研究为基础，通过对山东省JN县城乡建设用地增减挂钩政策实施情况的实地调查研究，分析总结全国各地试点过程中存在的普遍性问题。试图挖掘基层政府在挂钩试点过程中自利性膨胀的根源，以保证增减挂钩试点顺利实施、真正实现土地合理利用，保障农民权益和实现社会的和谐稳定。所提出的基层政府自利行为的治理措施，也为政府其他方面决策的顺利执行提供了理论保障与借鉴。