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野生东北虎(Panthera tigris altaica)、东北豹(Panthera pardus orientalis)是我国珍贵濒危保护动物,寄生虫病是危害野生动物健康的常见疾病。本研究首先利用显微镜观察法对寄生虫虫卵的形态进行初步观察与鉴定,其次采用传统PCR方法扩增猫弓首蛔虫、狮弓蛔虫的ITS-1、5.8S部分基因序列及猫类圆线虫的18S部分基因序列,并进行系统进化树构建与分析。本研究同时利用宏基因组测序技术对野生东北虎、东北豹及圈养东北虎在不同寄生虫感染强度下的肠道微生物进行测定,进而比较区系特征。本试验结果表明,野生东北虎感染8种寄生虫,东北豹感染7种寄生虫。分子进化树的结果表明在猫科动物中,野生东北虎源猫弓首蛔虫与家猫源猫弓首蛔虫亲缘关系较远。狮弓蛔虫,本试验扩增出的序列与已知其他虎源的序列聚为一枝,说明虎源狮弓蛔虫间的亲缘关系较近。猫类圆线虫的进化树表明野生东北虎源的猫类圆线虫与貉源猫类圆线虫亲缘关系最近。此外,野生东北虎粪便中寄生虫感染份数及感染率最大的是猫弓首蛔虫(51/68,75%),其次是鞭虫(16/68,23.5%);野生东北豹粪便中感染份数最大的寄生虫是猫弓首蛔虫(26/42,61.9%),其次是曼氏迭宫绦虫(21/42,50%)。从寄生虫平均感染强度来看,野生东北虎粪便中猫弓首蛔虫的平均感染强度最高(490.29个/克),野生东北豹则是曼氏迭宫绦虫平均感染强度最高(428.21个/克)。通过Alpha多样性分析发现野生东北虎、东北豹肠道微生物中细菌丰富度具有高且不均匀的特点。从细菌门的分类角度来说,野生东北虎寄生虫感染量大的样品中的细菌门的数目(23和27)稍高于无寄生虫感染的样品(23和24),而野生东北豹寄生虫感染量大的样品中细菌门数(24和17)明显高于无寄生虫感染的样品(12和16)。不同的寄生虫感染强度导致野生东北虎、野生豹肠道细菌纲优势菌的种类差异较大。细菌目、科和属的数据也证明了这个观点。Beta多样性中的主成分分析(PCA)发现,野生东北虎的全部样品、野生东北豹寄生虫感染量大的样品(FPPW1、FPPW2)和圈养东北虎FPTZ1和FPTZ2聚集在一起,说明它们之间的细菌结构差异较小。而野生东北豹无寄生虫感染的样品(FPPW3、FPPW4)与其它样品分布位置相距较远,说明其细菌结构差异较大。UniFrac分析的样品距离矩阵结果表明,野生东北虎寄生虫感染量大的样品间相似度(0.29)稍高于无寄生虫感染的样品(0.31)。野生东北豹寄生虫感染量大的样品间相似度(0.38)则明显高于无寄生虫感染的样品(0.59)。本研究探讨了野生东北虎、东北豹寄生虫与肠道微生物区系之间的关系,为推动更多关于濒危猫科动物的寄生虫病及肠道微生物之间相互关系的研究奠定基础,并为野生东北虎、东北豹寄生虫病的预防提供理论依据。