在我国,长江航道从古至今一直都是重要的水运通道,伴随着经济环境的变局,内河船舶运输业也面临着大考。船舶运输企业有其特有的行业特点,固定资产比例重,负债占比大,企业在市场中话语权较弱,在此背景下,船舶运输公司如何求存求变求发展,是摆在企业面前的一个课题。本文深入A船舶运输公司,详细分析阐述了A公司的实际情况,利用阿米巴运营模式,提出了有针对性地组织变革和员工激励方案,帮助企业解决在复杂的行业外部环境中以图长远发展的战略目标。本文首先对组织变革、员工激励、阿米巴运营管理理论和实践成果进行总结、分析和梳理,以此作为理论基础,从A船舶运输公司的组织现状、战略愿景等方面出发,分析了公司战略目标、组织结构、员工心态、企业文化四个维度所存在的问题,通过深挖问题产生的根源,提出了解决当前公司组织发展问题的方法,引入了阿米巴运营管理模式。在分析了A船舶运输公司引入阿米巴模式的必要性后,进一步分析了该运营模式在公司实施的可行性。再结合A船舶运输公司的实际情况,为其设计阿米巴经营管理模式变革方案,通过组织划分、独立核算、人才体系几个方面搭建出A公司基于阿米巴运营模式的组织体系,明确了各层级权责,打造阿米巴考核和激励机制。同时,本文为A公司基于阿米巴经营模式的组织变革明确了实施步骤、提出了保障方案,以确保A公司的组织变革能够顺利推进,完成预期变革目标。本文通过文献研究、实地调研等的方法,得出了如下的研究结论:（1）结合A公司的实际情况和组织发展战略,运用组织变革相关理论及阿米巴模式,为其搭建了基于阿米巴模式的组织运行方案,利用阿米巴模式的运作优势,帮助突破组织瓶颈,实现公司发展战略目标。（2）根据新搭建的阿米巴组织运行结构,设计出独立阿米巴单元的核算流程和核算报表,以完整地体现公司独立阿米巴的运营状态和经营成果。（3）结合公司员工实际,设计出切实可行的阿米巴人才激励考核体系,最大可能的激发出公司员工的内在驱动力。目前,在对中国企业利用阿米巴运营模式进行组织变革和人员激励方面,学者们更多地将研究焦点聚集在制造业,本文在可能的创新上,是以中小型船舶运输企业作为研究突破口,在其导入阿米巴运营模式,希望可以为同类企业在实践阿米巴管理模式进行组织变革时提供参考和借鉴。