排污权交易，作为一项以市场为基础的环境经济政策手段，目前该政策主要在工业企业之间实施。但是，随着对工业点源污染的有效控制，我国的水污染负荷结构发生了明显变化，农业非点源污染己成为影响水环境质量的主要原因。另一方面，由于长期的、不合理的农业生产活动、农业政策与环境管理政策长期相互脱节等诸多因素，也给我国带来了严重的环境污染问题。因此，农业非点源污染治理单纯依靠传统的政府管制方式已经不能满足要求，需要更为灵活有效的经济激励的控制管理政策来促进农业非点源污染的治理。 本文的核心，是通过深入分析我国污染物总量控制和排污权交易实施过程中的矛盾问题，在我国水污染物有偿使用和交易政策的基础上，结合我国实际，在排污权交易“准市场”中构建了排污权交易应用于农业污染治理的理论框架，对交易思路、模式、运行流程进行了研究，并对交易中涉及的环境监管体制、交易比率、交易成本和农业非点源如何参与市场问题进行了探讨。最后选择太仓市为例，对排污权交易应用于农业非点源污染治理的研究展开了示范性的研究，构建了太仓市排污权交易(水污染物)的基本框架，制定出太仓市排污权交易政策的实施行动路线图，并提出了加快完善太仓市排污权交易的政策建议。 本文的研究，对排污权交易在我国更广更宽的范围内开展提出了新的模式，也为我国农业非点源污染治理开拓了新的思路。通过初步的探索，以期为我国的排污权交易政策的制定工作提供参考价值，使其在环境保护领域发挥重要作用，成为发展经济、保护环境这两个齿轮正常、高速运转的润滑剂。