随着知识在经济发展中的作用不断提高,知识产权成为国际竞争战略的核心内容。许多国家纷纷用知识产权来强化自己的竞争优势,将知识产权战略上升到国家高度。发达国家主张给药品提供专利保护,有明确地保护开发者和使用者的权利,以期收回成本并占据市场优势地位。但是,专利制度是专利权人权利与义务的平衡。因而,当公共健康面临威胁,如何使公众获得可支付的药物也是发展中国家关注的重要问题。在TRIPS协议框架下,药品专利国际保护体系是基于发达国家高水平药品专利保护的要求之上的,其更多体现的是发达国家的意志和利益。TRIPS的生效使得公众健康与药品专利权的矛盾突现。本文综合运用文献调查、统计分析、专利指标分析、公共政策分析等方法,对国家知识产权局公布的1985年至2007年医药专利申请、授权以及有效专利情况进行了分析,通过国内外在华申请的有效专利中美日三个国家的对比情况,明确了我国医药专利保护所存在的问题,并以企业及政府的视角进行了原因分析,提出了应对公共健康危机政府应加强知识产权行政管理,完善专利技术成果的市场转化机制;加强知识产权人才队伍建设;加快知识产权法制建设构建行业预警系统,加强知识产权安全监管等对策建议,希望有助于我国医药企业与国际大公司抗衡。本研究主要从六个部分展开,第一部分主要是研究方法、相关理论及研究意义;第二部分着重探讨世贸组织TRIPS协议与公共健康备受关注的国内外背景下我国医药知识产权面临的挑战即对我国医药专利保护所提出的要求;第三部分主要是我国医药专利保护现状,重点通过专利指标方法的运用,对国内外在华医药专利申请格局进行分析对比。内容涉及到专利分析样本构成,:①年度变化分析;②申请人情况分析;③国家或地区分布情况;④有效专利分析;⑤适应症统计公司排名等。另外该部分还对具体药物领域国内外在华医药专利申请格局进行了分析;第四部分在对目前我国医药专利政策进行研究总结的基础上,运用政策分析方法提出有待研究改进的问题并进行原因分析;第五部分完善我国医药专利保护的相关对策建议。最后是结论部分。