在市场经济的大环境下,上市公司的创新发展水平能够体现出经济的发展潜力。为进一步了解东北区域创新效率情况和变化趋势,本文选取注册地址属于黑龙江省、吉林省、辽宁省三个省份上市公司共80家,对其进行创新效率的投入和产出分析,科学有效的评估创新绩效,并针对分析结果提出有建设性的意见。首先使用DEA模型进行静态分析,通过整体效率分析得出上市公司创新效率分布。从上市板块、企业性质、所属行业三个方面横纵向对比其创新效率的差异;其次通过Malmquist指数对东北三省上市公司2012-2016年效率进行动态分析,比较相邻时期创新效率的变化趋势,探讨其整体发展走向;最后将DEA综合效率作为因变量进行Tobit回归,分析影响上市公司创新效率的因素。结果表明:东北省份上市公司的创新效率整体水平不高,与有效生产前沿的距离比较大,达到创新效率有效的企业并不多,仍存在很大的发展空间;纯技术效率对综合效率的影响不大,不同板块、行业、企业性质的上市公司差别不大;东北省份上市公司的规模效率不稳定,是影响综合效率的主要因素,规模报酬递减的企业数量比较多,其规模效益不均衡;主板的综合创新效率高于创业板和中小板,不同企业性质的创新效率差别不大;Malmquist指数表明东北三省上市公司的总体发展水平处于中等发展水平;通过Tobit分析可知,固定资产周转率、资产负债率和总资产报酬率与综合效率呈显著的正相关关系。最后针对此结论对企业创新效率发展从研发资金、人员构成等方面提出一些建议。