明确的司法管辖制度对实现司法公正至关重要,是诉讼活动的入口。而我国现行司法管辖区和行政区划相重合,导致在环境诉讼领域内行政干预司法现象频频发生,损害了司法权的独立性,也贬损了司法的公正性。环境资源案件具有专业性与复合性特点,因环境要素的流动性对生态环境造成的损害也呈现跨区域性特征,我国传统诉讼管辖制度在跨区域环境保护中难以平衡各地环境利益,已成为环境资源案件审判的瓶颈。从实践层面,环境司法专门化以来,从最高人民法院(以下简称“最高院”)到各地基层法院对环境资源案件审理做了积极有意义的探索实践,成立了环境审判庭、环境合议庭、巡回法庭等环境审判专门机构。但跨区域环境污染损害区域广泛,极易引发各地对诉讼管辖权的争夺,然而对该类案件诉讼管辖规则缺乏明确的法律规定,导致在利用传统诉讼规则时形成了指定管辖、集中管辖、专门管辖等几种模式,这种情况既损害了法律的权威性,也削弱了法律的可预见性。本文在总结各地实践经验及研读各相关诉讼法律法规后对目前环境资源案件管辖中存在的问题进行分析,从司法权的独立性与国家属性这两个方面论证环境资源案件实行跨区域管辖的必要性,将司法权与行政权分离,依司法需要设置独立于行政区划的管辖区域。整合我国现存环境审判专门机构后,本文提出对跨区域环境资源案件实行集中管辖为主,指定管辖为辅的管辖规则,在省内成立基层环保合议庭、中级人民法院与高级人民法院环保审判庭,在更大的区域设立环保法院,划分集中管辖区域解决跨区域环境资源案件管辖权难题,保障跨区域环境资源案件“二审终审”,力求在全国范围内构建较为完善的环境审判组织体系,并对审判方式提出建议,厘清案件法律关系规范审判顺序,从而维护当事人诉讼利益,有效解决跨区域环境资源污染问题,维护生态安全。