知识经济时代,科技创新是国家经济社会可持续发展的动力。高等学校以其强大的科研优势,在科学研究中的地位日益重要。如何提高科研经费资金使用效益,对提高我国科技水平,推动国民经济与社会发展,实现国家发展战略具有重大的意义。而高校科研经费管理水平直接制约着科研管理水平。因此正确认识加强高校科研经费管理的重要性,分析科研经费管理面临的问题,构建完整系统的科研经费管理体系,提高科研经费使用效率,并积极探索加强科研财务管理的有效措施,成为高校财务管理者面临的新课题新挑战。本文介绍了我国现有高校纵向科研经费管理的模式和特点以及对科研经费管理相关法律、政策进行梳理,通过自身实践经验、专家访谈、文献阅读等方法,对当前我国高校科经费管理制度、使用过程、经费监督、结余资金中存在的问题及其原因进行了深入剖析,在查阅大量文献资料和与部分科研项目管理者讨论的基础上,通过系统分析和归纳总结,借鉴科技发达国家对高校科研项目经费管理的经验,结合我国实际情况,提出加强我国高校纵向科研项目经费管理的思路和措施：(1)完善高校科研经费管理体制,加强制度建设,理顺科研经费各方管理者和使用者的关系；(2)完善高校科研经费使用管理,强化预算、严格核算、建立全成本核算模式；(3)加强高校科研经费购置固定资产管理；(4)加强高校科研经费结余资金管理；(5)健全高校科研经费使用的监管机制；(6)搭建高校科研经费管理信息平台,创新科研经费管理手段。