SYBR GreenⅠ荧光PCR检测DNA甲基化——方法建立及其在肝癌甲基化标志物检测中的初步应用

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DNA甲基化指哺乳动物基因组DNA的胞嘧啶(C)的5位通过DNA甲基转移酶(DNAmethyltransferase,DNMT)介导发生的甲基化修饰反应,此反应主要发生在5-CG-3的DNA序列中,即CpG位点甲基化。DNA甲基化为表观遗传学的重要组成部分,并且是目前研究的比较成熟的部分。DNA甲基化可以影响基因表达、染色体稳定性、X染色体转录沉默、基因组印迹以及染色质浓缩,而且是可以遗传的,但它却并不改变基因DNA的编码序列。DNA甲基化与肿瘤发生密切相关,通过检测基因所发生的异常DNA甲基化改变而对肿瘤进行诊断和治疗监测具有重要意义。 随着对DNA甲基化研究的深入,DNA检测技术的发展也不断更新。亚硫酸氢盐修饰DNA方法的发明,使DNA甲基化检测的瓶颈得以解决。该方法通过化学修饰作用,使DNA中发生了甲基化修饰的胞嘧啶(C)保持不变,而未发生甲基化的胞嘧啶则转化U并在后续的PCR反应中转化为T。这使得本来没有差异的DNA序列被人为的引入了差异,也使得PCR等检测方法在DNA甲基化检测中的应用成为了现实。目前,基于亚硫酸氢盐修饰的DNA甲基化检测方法包括MSP。Methylight,COBRA等。但是这些方法相对比较繁琐,比如MSP方法需要进行电泳和紫外成像,Methylight需要设计特异的探针,而COBRA只能对几个特异的位点进行酶切,因此该类方法直接应用于临床检测均存在很大的困难。本课题则将SYBR Green Ⅰ荧光PCR应用于DNA甲基化的检测,直接应用MSP的引物并加入SYBR GreenⅠ荧光染料,实现了自动化检测。应用此方法对与原发性肝癌(HCC)的潜在肿瘤标志物MAGE-A1,A3基因异常甲基化改变进行临床血浆标本的检测,确认该方法的临床适用性及检测效能。实验目的本课题拟建立一种SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测DNA甲基化的方法,并对该方法的实验室指标进行评价。然后,将该方法应用于原发性肝癌(HCC)中具有诊断价值的MAGE-A1,A3甲基化改变的检测中。检测HCC血浆标本,肝炎标本和正常对照血浆标本,测定灵敏度,特异度和准确性等指标,验证该方法的检测效能。
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