我国的水土流失现象遍布全国，不同区域的土壤侵蚀侵蚀强度不同，因此对各个区域的生态、经济及居民的生产和生活的影响也存在差异。为科学有效地开展水土流失的的防治工作，应针对不同的区域实行不同的防治措施，为此全国划定并公告了水土流失重点防治区。水土流失重点防治区是在综合考虑区域的自然、经济社会及生态安全特性的基础上，将水土流失影响的生态和农产品重点提供区域以行政区域为单元进行划分的。目前经历了“三区”（重点预防保护区、重点监督区、重点治理区）到“两区”（重点预防区、重点治理区）的演变。水土保持是对水土流失采取的预防和治理措施。水土流失重点防治区具有重要的生态系统服务功能，且基本属于限制开发和禁止开发区域，该区域的水土流失得到有效防治的必然选择是实施水土保持生态补偿制度。从理论基础来讲，生态补偿是水土流失及治理的外部性内部化的有效手段，是协调区域间不同利益主体的平衡机制，是维护社会秩序及兼顾公平和效率的法律价值的彰显，是对生态系统服务功能的价值认可。从立法与政策现状来讲，《水土保持法》（2011）中明确规定了建立水土保持生态效益补偿制度，一些地方法规也作出了相应的规定；同时，党中央和国务院及地方高度重视水土流失防治工作，不同时期出台了不同的水土保持生态补偿政策。然国家层面的关于生态补偿立法的缺失使得水土保持生态补偿制度缺乏相应体系的支撑，各个时期的水土保持生态补偿政策基本是原则性规定，缺乏可操作性。从实践状况来看，重点预防区中的三江源、重点监督区中的晋陕蒙甘能源区、重点治理区中的丹江口水源区及三峡库区，这些区域都进行了水土保持生态补偿的尝试与探索，总结出一些成功的经验。水土流失重点防治区生态补偿制度已初步建立，然在实施中还存在一些法律困境，通过与域外的生态补偿实践相比较，分析了生态补偿的主体、对象、标准等方面存在的法律挑战，从而为完善水土流失重点防治区的生态补偿制度提供经验。生态补偿更多是一种基于“社会公平”对生态效益的补偿，在立法时要强调其的社会公平目标，特别是与扶贫相结合；注重实施中政府的干预适度性；协调其强制性目的与群众参与的自愿性。在健全生态补偿立法目的的前提下，就目前的“两区”的水土流失特征，对重点预防区和重点治理区分别从补偿主体、补偿对象、补偿标准、补偿方式四方面进行了不同的生态补偿法律制度的设计。同时，建立生态效果评价机制和绿色GDP政绩考核机制来保障生态补偿法律制度的顺利实施。