云南省是世界上药用植物资源分布最多的区域之一，如何科学合理的利用药用植物资源，促进药用植物资源的可持续发展，其科学基础之一就是进行药用植物资源区划。然而，目前国内外尚缺对地理环境复杂的云南省药用植物资源的区划研究。本文应用“地理学第一定律”理论——时间、空间、尺度上的邻近耦合关系——，采用最小距离系数和权重等方法在系统计算各邻近的市州之间的联系程度的基础上，遵循自然区划的自下而上原则将有关市州合并为四个药用植物区和五个药用植物亚区。根据对云南省16个市州药用植物分布种数的统计，运用数值区划的方法和多尺度空间单元区域划分的理论对云南省进行区域划分，结果显示：①Ⅰ区包括玉溪市、楚雄市、昆明市、曲靖市、红河州、文山州和昭通市7市州（其中包括三个亚区，即玉楚亚区Ⅰ1，包括玉溪市和楚雄州两市州；昆曲昭亚区Ⅰ2，包括昆明市、曲靖市和昭通市三市州；红文亚区Ⅰ3，包括红河州和文山州两州）；②Ⅱ区包括保山市、普洱市、临沧市、怒江州和德宏州5市州（其中包括两个亚区，即临普亚区Ⅱ1，包括临沧市和普洱市两市；保德怒亚区Ⅱ2，包括保山市、德宏州和怒江州三市州；③Ⅲ区包括丽江市、大理州和迪庆州3市州；④Ⅳ区是西双版纳州。依据云南省16市州药用植物数值区划的结果对云南省各区的生态环境分别从光能资源、热量资源和水分资源的组合状况进行描述，并依据其地理环境的特点为每一个区推荐适宜推广种植的药用植物种类。最后为药用植物资源的开发与保护进行尝试性的探索，进行药用植物开发的初步研究，为保护提出相应的对策建议。