货币政策是一国中央银行调控宏观经济的重要手段。我国幅员辽阔，又处在经济转型期，经济发展的基本特征是区域发展不平衡。我国东部、中部、西部以及东北地区的金融发展程度不一。在一般的理论研究中，区域同质化是研究货币政策传导的假设前提。然而在实施过程中，很难满足这种经济学意义的假设前提，各区域内的金融结构存在相当之大的差异。本文首先对国内外有关金融结构以及货币政策区域效应的研究文献进行了回顾与评述，以金融结构理论为切入点，从金融机构和金融市场的角度分析区域金融结构差异与货币政策传导机制的相互关系，分析其作为金融中介在货币政策传导机制中的重要作用。然后，理论与实际相联系，综合银行业、证券业和保险业的各项指标，利用因子分析法构建区域金融发展指标，以定量的方式描述我国区域金融发展差异，并且采用多种金融结构指标从区域金融机构差异和区域金融市场差异两个角度，更细致的对四大区域的金融结构差异进行描述。本文实证选取1984年—2010年27年的年度数据，运用VAR模型以及脉冲响应函数实证检验了我国货币政策存在区域效应，发现在国家统一货币政策的作用下，我国东部地区对货币政策的反应与全国总体情况拥有更大的一致性。我们从金融结构差异的角度对货币政策区域效应产生的原因进行分析，认为差异产生的原因是区域间金融总量、金融机构以及金融市场的结构不一致，东部地区与中、西、东北地区的金融结构差异明显。东部地区金融发展程度较高，对金融资源的占有量也有绝对优势。在文章的最后提出了解决货币政策区域效应的关键在于优化金融总量结构、金融机构结构和金融市场结构的政策建议，并且提出在区域金融结构差异存在的现状短期不能改变的情况下，应当实施区域化存款准备金政策、再贴现政策和公开市场操作政策。