斑节对虾核糖体基因克隆及序列分析

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斑节对虾(Penaeus monodon Fabricius)隶属于十足目(OrderDecapoda)、枝鳃亚目(Suborder Dendrobranchiaia Bate)、对虾科(Superfamily Penaeidae)、对虾属(Genus PenaeusFabricius),是对虾属中体型最大的物种,主要分布在巴基斯坦、非洲南部、马来西亚、印度、澳大利亚北部、斯里兰卡、泰国、日本,以及中国的福建、台湾、浙江、广西北海、广东西部、海南岛沿岸多处,其中以广东西部和海南岛沿岸分布较多。在世界对虾养殖中,斑节对虾成为了人工养殖面积最大且产量最高的种类之一。目前,对斑节对虾的研究主要集中于养殖产业的增产、细菌感染的影响和防治、三倍体和四倍体的人工育种、卵巢的发育和显微结构的观察等方面,而对其在分子生物学方面的研究较少,尤其是对核糖体基因的研究甚微。核糖体18SrDNA基因存在于生物界的所有真核生物的细胞中,具有的高度保守性和易于使用通用引物扩增等优点,是世界上公认的生物进化的依据。本研究采集海南岛周边海区陵水新村、万宁港北小海渡口、文昌市高隆湾三个地区的斑节对虾,运用试剂盒提取了这三个不同地理环境的斑节对虾的核糖体基因,对其进行了基因克隆及测序,并与从GenBank上下载的其它物种的18SrDNA序列对比,共同构建对虾属的系统树,对不同科属之间,以及不同地理环境下斑节对虾的遗传规律和进化差异进行了分析。研究结果如下:1.18S rDNA系统进化树分析斑节对虾核糖体基因测序结果显示:陵水新村港所得序列碱基长度在911bp—1264bp之间,万宁港北小海渡口所得序列碱基长度在944bp—1628bp之间,文昌市高隆湾所得序列碱基长度在938bp—972bp之间。系统进化树分析表明,同一属的不同种首先聚到一起,说明属间距离大于种间距离,原生动物独自分支,说明其较为原始。斑节对虾和凡纳滨对虾、短沟对虾同属于对虾科,聚为一类,亲缘性最近。整体情况显示与传统的分类学门、纲、目、科、属的分类结论一致。2.三个不同地理环境的序列比对通过对一对引物在陵水、万宁、文昌三个不同地理环境的斑节对虾的核糖体18S rDNA进行PCR扩增和测序,根据测序结果,分别选择编号为4、18、26的斑节对虾进行序列对比分析,结果显示,4号的序列长度为969 bp,18号的序列长度为977 bp,26号的序列长度为972 bp。在不同区域内,斑节对虾核糖体18S rDNA基因,只是在个别位点处发生了碱基的替换。其中4号和18号的碱基相似性为97.94%,4号和26号的碱基相似性为99.28%,18号和26号的碱基相似性为97.74%。说明不同地理环境条件下,斑节对虾的核糖体基因碱基相似性较高,差异不明显。3.三对引物在不同地区的18S rDNA基因测序结果分析斑节对虾聚类结果显示,三个不同地理环境的物种按海区先分类,同一海区环境条件下的斑节对虾首先聚为一支,亲缘性较高,陵水对虾群体后与文昌对虾群体聚为一个大支,最后和万宁对虾群体聚类。这说明斑节对虾在陵水和文昌中的相似性更高,万宁较低。造成这种现象的原因可能是海区周边环境的变化,以及人为因素所造成,即生活污水的排放、养殖废水的污染等,这些变化都会使其中的斑节对虾发生部分变异,引起核糖体18SrDNA碱基的改变、替换或缺失等。但所设计引物并不影响核糖体基因的克隆和碱基序列。说明在每个相同区域内,所测的三组斑节对虾的18S rDNA基因序列完全相同,种间差异大于种内不同地理群体的差异。
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