近年来我国改革开放逐渐深入,高等院校快速发展并走向国际化,办学规模日益扩大,办学自主权不断提升,高校内部的经济活动也由从前较为单一的状况变得越来越复杂和多元化。然后,随之而来的即是与之不相匹配的经费内部控制制度,导致高校腐败案件时有发生,在阻碍高校进一步发展的同时也产生了不良的舆论影响。因而对高校的内部控制理论的研究,有利于构建一个健全良好的经费内部控制体系,使其与高校目前的发展阶段相匹配,一方面可以提高高校的风险管理水平,增强高校面对市场化竞争的适应能力,另一方面可以提高高校的办学效率,促进高校经济活动顺利开展。本文以CS大学为研究对象,以我国高校的特点、经费内部控制的特点以及经费内部控制与内部控制的关系为理论基础,在相关研究文献的基础上,结合CS大学的经费预算与经费收支的流程、主要风险点及主要防控措施,从内部控制五要素的角度深入分析了CS大学在经费内部控制方面存在的问题,并对其存在的问题产生的原因加以探究。更为重要的是,为了解决CS大学内部存在的经费风险,本文从决策、执行和监督三个层次构建了CS大学经费内部控制的总体框架。同时,本文根据内部控制五要素设置评价指标,并将指标进一步细化,将模糊数学的理论与层次分析法相结合,对CS大学的经费内部控制体系的运行情况进行分析,结合CS大学经费内部控制体系的框架以及该体系的评价效果,提出改进和完善CS大学经费内部控制体系的保障措施。