在科技经济一体化、产学研合作、科技体制改革、国家（区域）创新体系建设和知识创新工程试点的时代背景下，中国科学院通过开展与省市、企业的合作，促进了科技成果转化、高技术产业化和地方区域经济社会的全面、协调、可持续发展，为建立具有中国特色的国家创新体系进行了有益的探索。随着我国建设创新型国家战略的实施和区域创新体系建设的不断深入，院地合作的功能、地位与作用日益突出，对院地合作的规模、内涵、机制、水平等提出了更高的要求，新时期院地合作面临着新的发展机遇与挑战。本文从区域创新系统的视角，以创新系统理论、三重螺旋理论、创新网络理论、交易成本理论、企业资源和能力理论为指导，分析、研究院地合作的运行机制、发展态势、典型案例和发展对策，为新时期院地合作的深入发展提供科学依据。　　院地合作运行机制涉及院地合作的投入、实施、产出全过程，包括动力、协同、决策、集成、利益、支撑等机制，是反映院地合作特征、本质和规律的主要内容。动力机制由院地双方的内、外部需求形成，包括区域创新体系建设、提高产学研合作水平、中国科学院自身社会价值体现、区域经济社会发展等方面对院地双方提出的客观要求;协同机制涉及院地双方的组织、特征、行为等三个层面的协同，对缩小院地双方在组织、价值、文化、行为、目标等方面的差异具有决定作用;决策机制贯穿于院地合作的各个阶段，宏观和微观决策是院地合作决策的关键，重点阐述院地合作各阶段主要决策的依据、主体、方式、性质、内容等特征，以及中国科学院院地合作决策的基本原则;集成机制是国家（区域）创新体系建设的重要内容，在分析院地合作技术集成、学科集成和要素集成等基本特征的基础上，阐述中国科学院在建设创新基地、建立工程中心、争取政府经费、吸纳院外资源、共建创新载体等方面加强院地合作集成机制的做法与举措;利益机制涉及院地双方宏观、微观两个层面的合作利益，宏观层面强调利益的双赢，是院地合作的最终目标，微观层面注重利益的合理分配，是院地合作持续发展的基础;支撑机制是中国科学院开展院地合作的保障体系，包括分院管理、科技副职、信息网络、中介服务和统计评论评价五大平台建设。　　以2003年中国科学院产业化统计数据为依据，开展院地合作统计分析。通过分析院地合作社会经济效益的基本概况，包括按合作区域、院所、项目规模、项目领域等不同分类的统计分析，阐明院地合作重点区域、重点院所、重点项目、重点领域的总体分布情况;采用理想解法对中国科学院科研院所高技术产业化绩效进行排序评价;通过对中国科学院科研院所投资企业经营统计指标的相关分析，阐述其发展态势与问题，以及制约其加快发展的资金、市场、管理等三大瓶颈，并对推进院所投资企业股权社会化的必要性进行定性分析。在统计分析的基础上，选择了科研院所投资企业股权社会化、院地合作专项计划、院地共建科技创新载体、高技术改造传统产业、高技术产业发展等方面的典型案例进行剖析，以深化对院地合作运行机制、发展态势与基本特征的理解与把握。　　面向建设创新型国家的战略决策，结合院地合作的发展现状和面临的机遇与挑战,从院地合作的战略思路、合作需求、合作重点和科研院所投资企业股权社会化等方面，探讨新时期院地合作的发展对策。新时期院地合作应突出重点、合理布局、自主创新、完善机制，在全面把握东北京津、长三角、珠三角、中部和西部五大合作区域科技需求的基础上，实施高新技术改造提升传统产业、促进高技术产业发展、现代农业、人与自然和谐发展、战略研究与咨询、人才培养与交流等方面的院地合作区域差异化战略。从观念、机制、决策、政策、程序、试点等方面，探讨新时期推进院所投资企业股权社会化的保障措施。