预算是一种管理系统。高校预算是指高校依据教育事业发展目标和任务进行资源配置数字化的规划，执行和评价的内部控制系统。高校内部控制是指为了教育事业可持续发展所采取的以保障会计信息质量，提高办学效益和合法办学为目的的风险预测、识别、评估和防范。高校预算内部控系统是指高校通过科学的预算规划、严格的预算执行和客观的预算评价，真实反映自己经济活动，预测和防范办学风险的一系列相互协调统一的整体。高校预算内部控制系统包括前馈控制系统（预算规划编制系统）、同期控制系统（预算执行系统）和反馈控制系统（预算评价系统）。内部控制理论发展主要经过了萌芽期：内部牵制阶段（15世纪末至20世纪40年代）、成长期：内部控制阶段（20世纪40年代至80年代初）、发展期：内部控制结构阶段（20世纪80年代）、成熟期：内部控制框架阶段（20世纪90年代）和后成熟期：全面风险管理阶段（21世纪开始至今）五个阶段。以美国2002年《萨班斯—奥克斯利法案》（SOX法案），我国2008年《企业内部控制基本规范》为标志，内部控制已形成了一个系统的完整的体系。高校内部控制与企业相比较有自己的特点：非营利性、广泛性、复杂性和多样性。高校内部控制以预算内部控制为核心，高校预算既是高校内部控制的基础，又是高校内部控制措施落实的保障。高校预算内部控制系统是一个既有前馈控制—预算规划，又有同期控制—预算执行、分析与调整，还有反馈控制—预算绩效评价，是一个完整的控制过程。具有全面性、整体性和动态性等特征。从本质上看，高校内部控制就是预测、评估和防范高校发展教育事业风险，实现教育事业可持续发展。高校预算是一个通过战略规划、监督和评价来预测、识别、评估、控制和防范风险的管理系统，也是高校内部控制系统之一。目前，我国高校预算内部控系统存在六个方面的问题：第一，预算意识淡薄、预算观念落后；第二，预算管理机构不健全；第三，预算编制内容不全面；第四，预算编制方法不科学；第五，预算执行控制不力；第六，预算执行结果评价机制不完善。其原因有历史的原因、宣传不足、领导重视不够和人员素质不高等四个方面。因此，完善我国高校预算内部控制系统应该：第一，加强和更新预算观念；第二，健全预算管理组织机构；第三，推行全面、全过程预算控制；第四，采用综合预算编制方法；第五，强化预算执行力度；第六，完善预算绩效评价体系。高校预算内部制系统构建的总目标是高校教育事业可持续发展。其具体目标有三：促进高校依法办学、保障高校会计信息质量和提高办学效益。其特征有四：第一，战略性与阶段性相结合；第二，全面性；第三，经济性、及时性和灵活性；第四，指导性与操作性相结合。高校预算内部控制系统的构成包括系统组织机构、预算编制控制系统、预算执行控制系统和预算绩效评价控制系统。高校预算内部控制系统通过对高校办学的决策风险、法律风险和财务风险的预测、评估与分析、控制与防范，提高办学效益，保障高校教育事业的可持续发展。因此，构建高校预算内部控制系统在当前高校腐败案件频发，违法、违规收费禁而不绝，债务风险持续扩大，高校经费管理存在漏洞的情况下其紧迫性和重要性尤为凸显。故本文高校预算内部控制系统具有重要的理论研究价值和实践意义。