传染性胰脏坏死病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用

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传染性胰脏坏死病毒(Infectious Pancreatic Necrosis Virus,IPNV)是引起传染性胰脏坏死病(Infectious Pancreatic Necrosis,IPN)的病原体。IPNV具有高度传染性,死亡率高达90%,幸存的鱼终生携带病毒。随着我国鲑鳟鱼类养殖规模的逐渐扩大,该病也日趋严重,而国内尚无及时有效的防治IPNV的药物。因此,对水产品进行病原监测是控制该病传播的首选方法。病原的免疫学检测手段具有耗时长、灵敏度低、特异性差等缺点;分子生物学检测方法则需要昂贵的仪器,检测效果只能通过琼脂糖凝胶电泳来判断。环介导恒温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是等温核酸扩增技术,在恒温条件下反应可在体外进1小时内完成。除了琼脂糖凝胶电泳检测外,LAMP检测结果还可以通过SYBR Green I荧光试剂染色后直接进行肉眼观察,适用于大规模现场检测。本试验针对国内现行的IPNV ChRtm213建立RT-LAMP检测手段。本试验以实验室分离保存的IPNV ChRtm213(Genbank收录号KX23491和KX23490)全基因组为靶基因,利用Primer Explorer V5引物设计软件设计4套引物,严格按照引物设计原则及注意事项进行引物筛选,比较4套引物扩增效率得到最佳引物组合。使用最佳引物对提取IPNV(Jasper)RNA进行RT-LAMP反应,并对试验反应条件进行优化。对已经优化的反应体系进行灵敏度试验、特异性试验以及临床初步应用试验。结果显示:引物B2扩增效果略优于其他三组,选择引物B2作为RT-LAMP反应的引物组。当Mg2+终浓度为4 mmol/L8mmol/L时、dNTPs终浓度为0.5 mmol/L1.5 mmol/L、甜菜碱终浓度为0.0 mol/L1.2mmol/L时,RT-LAMP反应体系检测效果最佳。反应在63℃的扩增产率优于65℃、67℃,体系在60 min即可完成反应。此方法不与传染性造血器官坏死病毒(infectious hematopoietic necrosis virus,IHNV)及病毒性出血性败血症病毒(viral haemorrhagic septicaemia virus,VHSV)发生交叉反应;此方法相对比国外已发表的IPNV(Sp)RT-LAMP检测方法更适用于IPNV(Jasper)检测,其检测限为0.0008 fg/25μL。应用本试验所建立IPNV RT-LAMP检测方法进行临床初步应用,不同区域的7个肝脏和肾脏样本进行检测,凝胶电泳检测结果和颜色检测结果相一致。综上所述,本试验针对于国内流行IPNV血清型Jasper,所建立IPNV RT-LAMP方法。此方法的特异性良好、灵敏性高、比国外已发表的IPNV(Sp)RT-LAMP的检测技术更适用于检测国内流行株IPNV(Jasper),可通过颜色变化(阳性样本为荧光绿色,阴性样本为红棕色)来判定核酸变化的结果。本实验针对国内现行IPNV建立的RT-LAMP方法,具有特异性好、灵敏性强、检测结果可以通过肉眼观察直接判断等特点,且在实际应用中效果准确率高,为我国IPNV基层快速检测以及大规模检测提供支持。
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