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由于番茄育种过程中樱桃番茄优良性状的聚合及定向选择,其遗传背景越来越趋于狭窄,本研究首先利用Mi标记,通过L16(45)正交试验设计对樱桃番茄实用化PCR分子标记扩增反应体系进行优化;以收集到的54份樱桃番茄种质资源为供试材料,利用上述优化后的PCR体系与程序对供试的54份樱桃番茄进行抗病性分子鉴定,并分别对表型性状中的15个数量性状进行遗传变异分析及相关性分析,对遗传变异比较丰富的18个性状进行主成分分析,在此基础上开展54份樱桃番茄种质的综合评价和聚类分析;利用北京市农林科学院申请专利中的第一套SSR引物(24对),通过ABI 3500毛细管电泳仪对54份樱桃番茄种质资源进行检测;利用374对SNP引物和KASP技术对54樱桃番茄种质资源进行基因型检测;利用表型性状结合SSR及SNP标记对其进行遗传多样性研究。研究结果表明:1.樱桃番茄实用化PCR分子标记PCR最佳反应体系(20 μL)为引物0.5 μmol/L、Mg2+1.5mmol/L、dNTPs0.3mmol/L、DNA 480ng、聚合酶 1.OUTaq;最适退火温度 56℃,最佳循环次数为33次;从中筛选出至少含有1种抗病基因的种质资源材料53份,可作为多抗品种选育材料。2.分析表型性状发现15个数量性状之间遗传差异较大,不同性状间的相关关系复杂;16个质量性状检测到58个变异类型,表明54份樱桃番茄种质遗传多样性较为丰富。在变异类型较为丰富的18个性状中,前8个主成分累计贡献率达到80.6%。36号材料的D值最高,表明其综合性能最好。在欧式距离为0.93处,将54份樱桃番茄种质资源分为Ⅶ个类群,其中第I类群材料果实包括24份材料,该类群材料果实表现较为优良,基本均为圆形果、单果重偏重、可溶性固形物基本都在7以上、2心室、粉果色为主,且抗两种或两种以上病害的材料有10份。3.利用SSR标记共检测到73个等位基因,平均每个位点检测到3.042个,Shannon多样性指数平均为0.807,PIC值平均为0.412。利用种质资源间的遗传相似系数的差异,在遗传相似系数为0.67处将54份种质资源分为V大类群,其中第Ⅰ、Ⅱ类群均包括2份材料,第Ⅲ类群包括12份材料,第Ⅳ类群有34份材料,第V类群包括4份材料。群体结构分析将54份樱桃番茄种质资源大致划分为3个群体,Pop Ⅰ类群包括21份材料,Pop Ⅱ类群包括13份种质,Pop Ⅲ类群包括20份材料。4.从374对SNP引物中筛选出145对多态性较高的SNP引物,对54樱桃番茄进行基因型检测,共检测到422个等位基因,平均每个位点2.897个,多样性信息含量PIC变幅在0.260-0.375之间。在遗传距离为0.25时将54份樱桃番茄种质划分为V大类群。第I类群包括16份材料,第Ⅱ类群包括14份材料,第Ⅲ类群包括20份材料,第Ⅳ类群包括3份材料,第V类群包括1份材料。基于SNP分子标记对54份樱桃番茄种质资源进行群体结构分析,将其划分为Ⅲ个群体,其中Pop Ⅰ包括20份材料,Pop Ⅱ包括21份材料,Pop Ⅲ包括13份材料。通过以上结果可明确各种质的综合特性,为未来樱桃番茄品种改良提供依据。