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RAPD（random amplified polymorphicDNA）技术，是一种可对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。它是建立在PCR基础之上，用基因组DNA做模板，用单个人工合成的随机多态核苷酸序列（通常为10个碱基对）做引物，通过Taq酶的作用，进行PCR扩增。ISSR（intersimple sequencerepeat）技术，是一种在微卫星基础上的分子标记。它用锚定的微卫星DNA做引物，即加2-4个随机核苷酸在SSR序列的3’端或5’端。PCR反应时，引物能够引起特定位点退火，使得与引物互补的间隔不太大的重复序列间的DNA片段进行PCR扩增。浙贝母是我国传统的中药材，是著名的“浙八味”之一，具有较高的药用和经济价值。目前，它的栽培基地主要分布于鄞州、磐安、缙云等地区，而磐安已成为浙贝母主产地，同时也是浙贝母良种选育与种苗输出的重要基地。但实际调查发现，磐安地区的浙贝母存在着种质资源混杂的现象。这对浙贝母的育种产生了不良的影响。本文针对磐安地区的浙贝母进行品种及种内遗传多样性研究，为新品种选育奠定基础。本文采用RAPD标记和ISSR标记相结合的方法，对12种浙贝母种质进行了分子鉴定技术的研究，结果表明：（1）RAPD标记的多态性比率很好，大部分在90%以上，所有贝母材料间的GS平均值为0.6006，变化范围为0.4267~0.7467。种间，磐安新渥多籽贝和磐安新渥本地大贝的GS（0.7467）值最大，南通小贝和磐安新渥多籽贝的GS（0.4267）最小。在种内，磐安新渥本地种大贝的种内GS最小，磐安新渥多籽贝种内的GS最大。8份浙贝母品种可以分为两大类群。第一大类群包括磐安狭叶贝母、磐安新渥大贝、磐安本地种大贝、磐安新渥多籽贝、磐安宅口狭叶贝母、磐安新渥中贝，其中磐安新渥多籽贝和磐安新渥本地大贝，磐安新渥大贝和磐安新渥中贝分别聚为了一类。第二大类群则包括南通小贝和磐安双峰狭叶贝母。（2）ISSR标记结果显示，所有贝母材料间的GS平均值为0.6399，变化范围为0.4333~0.9333。在种间，南通小贝和磐安双峰狭叶贝母的GS（0.9333）值最大，南通小贝与磐安新渥大贝、磐安新渥本地种大贝二者之间的GS（0.4333）均为最小，同时磐安新渥本地大贝与磐安双峰狭叶贝母、南通小贝、磐安新渥多籽贝三者之间的GS（0.4333）也是最小。种内遗传相似性最高的是磐安新渥多籽贝，而磐安新渥本地种大贝种内的遗传相似性最小。（3）利用RAPD标记和ISSR标记这2种分子标记法建立的12种浙贝母种质分子指纹，得到的结果基本上是一致的，即两种标记方法得出的种间磐安不同地区的三种狭叶贝母之间的GS均很小，南通小贝和磐安双峰狭叶贝母之间的GS很高，同一地区的磐安新渥大贝和磐安新渥本地种大贝的GS较高；种内GS值最高的均是磐安新渥多籽贝，而GS值最低的均为磐安新渥本地种大贝。（4）RAPD标记和ISSR标记技术的结果也存在一定的差异：RAPD标记得到的磐安新渥多籽贝和磐安新渥本地种大贝的GS值很高，ISSR标记得到的磐安新渥多籽贝和磐安新渥本地种大贝的GS值最低；RAPD标记得到的磐安新渥多籽贝和南通小贝的GS值很低，而ISSR标记得到的磐安新渥多籽贝和南通小贝的GS值却很高。