翘嘴鳜与团头鲂是我国特有的两种淡水名优经济鱼类，目前正面临着严重的种质资源退化问题，出现生长优势减弱，性成熟个体变小等现象。鱼类的生长速度、肉质、抗逆性等性状均属于数量性状，由微效多基因控制，可以通过进行标记在性状中的关联分析或者直接从基因上开发分子标记来找到控制这些性状的主效基因或遗传标记，从而进行遗传改良，即标记辅助选育（Marker-assisted selection, MAS）。为了推动这两种鱼类的MAS，了解更多生长发育相关的分子机理，本研究分离了翘嘴鳜的微卫星标记，在近缘种斑鳜中检测其通用性，利用所开发的标记对翘嘴鳜不同群体进行遗传多样性分析；构建团头鲂不同组织的均一化cDNA文库，并对文库进行EST序列分析；筛选团头鲂性状关联的微卫星标记；克隆团头鲂的GHR、IGF、myostatin基因，并进行不同组织与不同发育时期的表达分析。研究结果主要如下：　　1.采用磁珠富集法与从 EST数据库中筛选的方法分别开发的翘嘴鳜的Genomic-SSR与 EST-SSR，其中磁珠富集法的阳性克隆率为64.24%，所得的Genomic-SSR序列中，（AC）n出现次数最多，其次是（AG）n。在GenBank上下载的5361条翘嘴鳜EST序列中共找到209个符合标准的SSR位点（3.9%），其中出现次数最多的是二碱基重复（67%），二碱基重复中AG重复类型最多（60%），其次是AC重复类型（35.7%）。利用23对Genomic-SSR引物与17对EST-SSR引物对翘嘴鳜鄱阳湖野生群体进行遗传多样性分析，Genomic-SSR平均等位基因数、平均观测杂合度与平均期望杂合度为8、0.746、0.711。EST-SSR的平均等位基因数、平均观测杂合度与平均期望杂合度为8.4、0.789、0.685。分别有13对Genomic-SSR引物（52.2%）与13对EST-SSR引物（76.5%）在斑鳜中扩增成功。　　2.选择8对多态的微卫星引物对翘嘴鳜2个野生群体与4个养殖群体进行遗传多样性评估，其遗传多样性由高到低依次是是鄱阳湖群体(PYL)，网湖群体(WHL)、鲁湖群体(LHL)、武汉水科所群体(IFS)、梁子湖群体(LZL)和长江群体(YZR)，六个群体的遗传分化指数（Fst）范围为0.0439＜Fst＜0.1475，说明这些群体间的遗传分化程度处于中等偏下水平。聚类分析表明，IFS与WHL遗传距离最近，PYL与其他群体遗传距离较远。养殖群体和野生群体的遗传多样性均较高，野生群体大于养殖群体，养殖群体与野生群体之间的分化程度并不高。　　3.利用Creator SMART技术与DSN方法相结合，构建了团头鲂8个不同组织的均一化cDNA文库，各个文库的库容量在0.5×106 cfu/mL以上，平均插入片段长度大于800bp，重组率均在96%以上。随机挑取607个克隆进行测序，获得475个高质量EST序列，经过软件拼接，得到428个unigene，其中包含76个序列重叠群contig和352个singleton，在428条 unigene中，有196条(45.79%)序列无同源性，属于新序列；与现有数据库中的序列存在明显的相似性（E