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辽宁绒山羊是我国独特的畜禽品种资源,其皮肤组织次级毛囊(SHFs)产生的绒能给广大牧民带来可观的经济效益。长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNAs)是一类长度超过200bp的真核生物的转录本,在皮肤细胞的增殖、分化以及SHFs的重建过程中调节着基因的表达。其中包括,从HOXC基因簇内的反义链转录而来的lnc RNA-HOTAIR。本文以辽宁绒山羊SHFs为研究对象,根据NCBI数据库中的表达序列标签(ESTs)鉴定了SHFs中16个lncRNAs以及lnc RNA-HOTAIR转录本,并分析了它们的分子表达特征和转录模式。再通过构建不同的调控网络揭示了它们与潜在靶分子的复杂调控关系。具体研究内容如下:1.本研究根据NCBI数据库中的表达序列标签(ESTs)鉴定了辽宁绒山羊SHFs中16个lncRNAs。分析了它们的分子表达特征和转录模式,并构建了新鉴定的lncRNAs及其潜在靶分子的ce RNA调控网络。研究发现,有4个lncRNAs(lnc RNA-475074、-052149、-052140和-051789)在生长期显著上调,9个lncRNAs(lnc RNA-711032,-475083,-475070,-052139,-052127,-052037,-051903,-051847,-051804)在休止期显著上调。Ce RNA调控网络揭示了新鉴定的lncRNAs与其潜在的靶分子:mi RNAs、m RNAs之间存在着复杂的调控关系。再基于生物信息学技术对新鉴定的lncRNAs的潜在靶基因进行了KEGG通路分析,结果表明,在生长期和休止期差异表达的lncRNAs可能直接或间接地调控着潜在靶基因。2.从辽宁绒山羊SHFs中分离并鉴定了lnc RNA-HOTAIR转录本,并分析了HOTAIR基因启动子在SHFs中的转录模式和甲基化水平。核苷酸组成分析显示,在辽宁绒山羊SHFs的lnc RNA-HOTAIR转录本中,腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)的含量高于鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C),AG碱基对频率分布最高(8.06%)。Ce RNA调控网络显示,lnc RNA-HOTAIR与其潜在的靶分子mi RNAs、m RNAs和蛋白之间存在直接或间接的复杂调控关系。转录模式研究发现,lnc RNA-HOTAIR转录本在辽宁绒山羊SHFs生长期的表达量显著高于休止期,这表明lnc RNA-HOTAIR转录本很可能参与了羊绒纤维生长和毛囊发育的调控。HOTAIR基因的启动子甲基化分析表明,HOTAIR基因的启动子甲基化很可能参与了对辽宁绒山羊SHFs的转录抑制。本研究对新鉴定的lncRNAs和lnc RNA-HOTAIR转录本在绒山羊SHFs中的潜在功能及调控特性进行了研究,为阐明非编码转录本参与绒山羊SHFs调控提供了理论基础,为高品质绒用山羊的分子选育工作提供了科学依据。