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辣椒是我国大面积种植的蔬菜之一,深受人民的喜爱。黄瓜花叶病毒(CMV)是危害我国辣椒生产的主要病毒,严重影响了辣椒的产量和品质,因此抗CMV已成为辣椒抗病育种的主要目标,并且已经寻找到部分优良抗源。但在抗性转育过程中传统遗传育种方法繁琐,费时费力,故通过寻找抗性基因或与抗病基因紧密连锁的分子标记,将会大大提高辣椒抗CMV育种效率。迄今为止,仍未见成功克隆辣椒抗CMV基因的报道。本研究以高抗黄瓜花叶病毒材料(Yv2007001)和高感黄瓜花叶病毒材料(Yv2007002)为试材,应用同源序列候选基因法和mRNA差异显示技术进行了抗病基因序列的筛选。同时以Yv2007001、Yv2007002及其F1、F2为试材,筛选与抗病基因紧密连锁的AFLP标记。并对接种CMV后,辣椒部分防御酶活性进行测定,为选育抗黄瓜花叶病毒辣椒品种提供生理指标。具体结果如下：1.根据已知抗病基因的NBS保守结构域设计简并引物,以高抗CMV辣椒Yv2007001为试材,获得10条抗病基因同源序列(RGAs).经序列分析,这些RGAs皆具有开放阅读框和NBS保守结构域(P-loop、Kinase-2、Kinase-3a、RNBS-C和GLPL),属于nonTIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列。其中RGA46与番茄花叶病毒抗性基因Tm-22的氨基酸同源性为78%,可能与辣椒抗CMV相关。其它序列与已知抗病基因Prf、RPP13、12C-1、Mi-1.2、L6、M氨基酸相似性为21%-70%。所得RGAs序列的Ka/Ks值介于0.011-0.3051,均显著小于1,表明“纯化选择”在辣椒NBS区域进化中起主要作用。2.采用mRNA差异显示技术研究了抗、感CMV辣椒在接种CMV前后基因表达的差异,共分离到87个差异片段,经回收、重扩增和克隆,进一步测序、数据库比对,获得7个辣椒cDNA片段。结果表明：抗、感辣椒材料在接种CMV后产生多种表达序列,具有诱导表达的特点,抗病材料(Yv2007001)的差异条带数目比感病材料(Yv2007002)的差异条带少。经序列同源性分析,这些cDNA片段在Genbank中与已有番茄、辣椒、水稻、葡萄的部分序列具有同源性,但同源性不高,可能为辣椒特有的cDNA序列。由于差别显示技术存在假阳性高的缺陷,这些片断的可靠性还有待于通过反式Northern杂交或实时PCR技术验证,其结构和功能也有待于进一步深入研究。3.利用AFLP分子标记技术,以极端抗病和极端感病辣椒单株的预扩增产物(各8株)构建抗感基因池,分别以8个EcoRI引物,8个MseI引物和8个PstI引物组合成128对引物组合,筛选辣椒与抗CMV基因连锁的AFLP分子标记。结果显示：128对引物组合中4对引物组合(E39/M41、E22/M20、P5/M13、E18/M06)在抗、感池之间存在差异条带。这4个引物组合经F2代单株验证和连锁分析,表明引物E18/M06筛选出的特异带稳定存在,连锁距离为25.4cM,该特异性片段约为450bp,命名为E18/M06450。4.通过测定接种后不同时期辣椒叶片SOD、POD、CAT活性、可溶性蛋白含量及叶绿素含量的变化规律,结果表明：辣椒苗期磷酸对照叶片3种防御酶活性变化均处在一定范围内,且变化幅度不大,抗病材料波动幅度小于感病材料。接种CMV后,SOD、POD活性抗病材料高于感病材料,呈先升后降趋势,抗性不同,上升幅度和达到峰值的时间不同。抗病材料CAT活性呈先降后升再降趋势,感病材料CAT活性变化呈双峰趋势,发病后期酶活性高于抗病材料。可溶性蛋白含量至症状初现时明显升高,随着病症的日益明显,受侵染叶片中可溶性蛋白含量逐渐降低；叶绿素含量一直呈下降趋势。抗、感材料3种酶活性的高低与材料的抗病性呈正相关,可作为早期筛选抗性材料的辅助指标。