明代以北京和南京为两京,两京都设有一套中央政权机构,是明代政治的一大特色。南京机构多被认为是闲散机构,但实际情况是,起码南京兵部并非如此。南京兵部有一定权力,地位高于南京其它机构。南京兵部尚书参赞机务,是南京的要职。可以说南京兵部在南都机构中职事重要,是明代的一个重要机构。然而,目前关于南京兵部的研究却很少。明代南京兵部的建置、职掌等问题,值得加强研究。永乐十八年,明成祖迁都北京以后,留南京机构加“南京”字样。南京兵部建置与北京兵部相同,设有尚书和侍郎等官职,武选司、职方司、车驾司、武库司等机构。南京兵部的主要职掌有,负责南京附近地方军务、负责船政、管理马政、管理武官及武学、负责南京驿传和修城等事务。此外,还有巡抚地方、负责赈济、参与祭祀及修陵、议奏南京军政事宜等等。南京兵部尚书是南京兵部的正官,多为进士出身。他们中很多都曾有在南京机构任职的经历,相对熟悉南都事务。南京兵部尚书参赞机务与南京内外守备掌管南京军、政等事务,三者在南京最有权。因此,不同于北京六部以吏部为尊,南京六部以南京兵部权重。南京兵部同南京其它机构相比事繁权重,是明代重要的中央机构。但是,南京兵部在很多方面受北京兵部的约束,职责较永乐十八年以前大为减轻。