梭梭（Haloxylon ammodendron）是隶属藜科（Chenopodiaceae）梭梭属（Haloxylon）的超旱生小乔木,作为我国西北荒漠区主要的建群种,在维持荒漠生态系统生物多样性方面发挥着巨大作用。目前由于自然因素及人为活动的影响,导致中国西北荒漠区梭梭群落大面积退化甚至死亡。开展梭梭的遗传学研究有助于了解梭梭的遗传多样性与遗传结构,阐明当代梭梭群体遗传变异的空间分布特征及其分化机制,揭示区域环境差异及人类活动对梭梭遗传多样性与遗传结构的影响,为制定科学的保护策略提供依据。本研究利用2个叶绿体（cpDNA）片段和1个ITS片段分析了中国西北荒漠区36个梭梭群体,420个个体的遗传多样性,遗传结构,揭示了造成当前遗传分布格局的主要环境因子并为其遗传保护策略提出了建议。主要结论如下:1.梭梭群体总的遗传多样性水平较高,但群体内遗传多样性水平较低。基于cpDNA序列检测到24个单倍型,ITS序列共检测到16个单倍型,根据其亲缘关系及地理分布可分为三个地理组,即西部组,东部组和南部组。在物种水平上,梭梭植物遗传多样性较高（H_T>0.8）,但梭梭群体内的遗传多样性较低（H_S<0.35）。在居群水平上,cpDNA数据结果表明,西部组群体遗传多样性最高,尤其是芳草湖,奇台和布尔津居群;而ITS数据表明,东部组群体遗传多样性高,尤其是乌兰布和沙漠,阿拉善左旗和磴口县居群。基于cpDNA和ITS的分子方差分析表明,梭梭群体的遗传变异主要来源于居群间（cpDNA:77.81%;ITS:84.20%）,这可能是由于梭梭种子和花粉的传播被限制在短距离内造成的。2.梭梭不同地理组间遗传分化强烈。梭梭群体总的遗传多样性（H_T）远远大于居群内遗传多样性（H_S）,表明梭梭群体间存在明显的遗传分化(F_ST>0.9),基于cpDNA和ITS数据的景观遗传分析也说明了梭梭群体间的遗传分化水平较高。生态位一致性检验结果表明,西部组的梭梭居群和其他两个地理组间的居群存在明显的生态位分化,但是东部组与南部组之间并未检测到明显的生态位分化。PCA分析及方差分析结果表明气温的季节性,最冷月最低气温,最干月降水量及最湿季降水量是造成梭梭西部组与其他两个地理组间生态位分化最主要的环境因子。不同地理组内生态小环境的差异导致不同梭梭群体在遗传结构上呈现出显著的差异。祁连山和阿尔金山是东部组与南部组之间最大的遗传障碍,阿尔金山和祁连山在更新世中期发生了快速的隆升,这一历史时期正好与梭梭东部组与南部组之间的分化时间相吻合（cpDNA:1.18Ma;ITS:1.20Ma）,推测祁连山与阿尔金山的快速隆升限制了这两个区域之间的基因交流,长期的地理隔离促使东部组与南部组之间发生较大的遗传分化。3.梭梭物种的重点遗传保护区域在新疆古尔班通古特沙漠南缘。基于遗传多样性数据,结合环境因子及当前西北荒漠区的土地利用/土地覆被数据分析得到,新疆古尔班通古特沙漠南缘梭梭居群遗传多样性水平较高且生境良好,尤其是克拉玛依地区、玛纳斯县、阜康市、奇台县等地区应当作为梭梭遗传保护的重点区域。为最大程度的收集梭梭基因资源,在设计采样策略时应当在整个分布区内广泛收集,应重点考虑遗传多样性较高的群体如,新疆沙湾县,150团,布尔津县,甘肃瓜州,内蒙古磴口县,吉兰泰及青海托素湖等地区进行梭梭种质资源的收集。