【摘 要】
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目的:构建miRNA检测体系并在纳米孔传感检测中应用,实现对舌鳞状细胞癌相关miRNA的检测。方法:第一阶段,从GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌的数据集,对下载的数据集进行miRNA表达差异分析,设立标准,将在两个及以上不同数据集中都有明显表达差异的miRNA确定为关键差异表达miRNA,作为后续研究的目标miRNA。第二阶段,基于DNA折纸原理构建DNA茎环结构,作为纳米孔传感检测体系中的标签分子和
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目的:构建miRNA检测体系并在纳米孔传感检测中应用,实现对舌鳞状细胞癌相关miRNA的检测。方法:第一阶段,从GEO数据库筛选舌鳞状细胞癌的数据集,对下载的数据集进行miRNA表达差异分析,设立标准,将在两个及以上不同数据集中都有明显表达差异的miRNA确定为关键差异表达miRNA,作为后续研究的目标miRNA。第二阶段,基于DNA折纸原理构建DNA茎环结构,作为纳米孔传感检测体系中的标签分子和信号放大器,通过改变组装缓冲液的盐离子浓度摸索最佳组装条件。随后,查找出目标miRNA序列,采用miRNA双端碱基分配策略(夹心法)来捕获目标miRNA,通过凝胶成像系统验证此策略检测miRNA的有效性和特异性,探索凝胶成像方法的检测灵敏度。第三阶段,引入纳米孔传感检测技术,弥补凝胶成像方法灵敏度不高的缺陷,先用M13mp18分子过孔表征单分子在通过氮化硅纳米孔的电化学信号特征,然后将设计的检测体系样品依次通过纳米孔,捕捉记录电流轨迹,用Clampfit软件和Matlab软件对电流轨迹进行拟合,拟合后的数据用Origin软件进行统计分析,从电流事件的过孔时间和阻塞幅度两方面对信号进行区分。结果:(1)通过生物信息学方法确定了4个舌鳞癌关键差异表达miRNA,分别为has-mi R-370、has-mi R-204-5p、has-mi R-149-5p、has-mi R-99a-5p。(2)构建的茎环结构组装最佳缓冲液为10 m M Tris-HCl(p H 8.0)和20 m M Mg Cl2的混合溶液;夹心法能特异性识别目标miRNA——mi R-370,凝胶成像下该方法灵敏度为1n M。(3)M13mp18分子通过纳米孔时,过孔时间和电流阻塞幅度都呈现出电压依赖性,总体趋势为随着电压的增大,过孔时间减小,电流阻塞幅度增大;检测体系的过孔时间和电流阻塞幅度也呈现出与M13mp18相同趋势的电压依赖性,且检测到mi R-370的检测体系在相同电压下具有更大的电流阻塞幅度。结论:本研究构建的茎环结构可以作为纳米孔传感检测的分子标签,能成功放大miRNA信号,构建的检测体系能特异性识别出目标miRNA,相较于凝胶成像方法具有更高的检测灵敏度。
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