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背景：胃癌是全球第三位癌症相关死亡原因。慢性幽门螺杆菌(H. pylori)感染,是目前已知的与胃癌发生相关的最重要因素。H.pylori在胃癌发病机制中的作用已有部分研究。但是,胃内还有大量的非H.pylori微生物,其与胃部疾病关系的研究极少。目前尚缺乏胃癌前病变,尤其是胃上皮内瘤变(Gastric intraepithelial neoplasias, GIN)患者胃黏膜微生态的相关数据。本研究通过利用细菌16S rDNA高通量测序分析技术,对胃上皮内瘤变患者胃内微生态进行分析,初步构建胃癌前病变相关胃黏膜微生态构成情况,尝试筛选出与疾病显著相关的菌属。方法：胃上皮内瘤变组(GIN组)纳入胃镜下诊断并经病理学证实,未接受任何治疗的GIN患者；健康对照组(HC组)纳入同时期无消化系统症状、H.pylori常规临床检测阴性,且胃镜检查正常的健康志愿者。分别采集GIN患者病变组织、正常胃窦和胃体部位黏膜活检样本各1块；健康志愿者正常胃窦和胃体黏膜各1块。提取胃黏膜细菌总DNA,扩增16S rRNA基因V4区。利用Illumina Miseq高通量测序平台进行双末端测序。用QIIME等软件进行操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)聚类、分析、物种注释；通过绘制稀释曲线、Chaol曲线、Shannon旨数和Rank abundance曲线进行样品复杂度分析；通过主坐标分析(Principal coordinate analysis, PCoA)和UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic mean)聚类分析进行健康人群、GIN患者胃内细菌群落结构和多样性的比较分析等生物信息学处理。同时,根据Hpylori相对丰度将两组分别分为低、中、高三个丰度组进行分层分析。结果：GIN组(n=25)的平均OTUs数目明显低于HC组(n=30)(P<0.05),而低级别上皮内瘤变(n=10)和高级别上皮内瘤变(n=15)亚组间的平均OTUs数目无显著差异(P>0.05)。在门分类水平,GIN组的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、梭杆菌门中位相对丰度明显高于健康对照组；同时,GIN组的变形菌门、蓝菌门、酸杆菌门、浮霉菌门、螺旋菌门等的中位相对丰度明显低于健康对照组。在属分类水平,螺杆菌属相对丰度在两组间无差异(P>0.05)。GIN组的链球菌属、普雷沃氏菌属、奈瑟氏菌属、盐单胞菌属、罗氏菌属、韦荣氏菌属、乳杆菌属、嗜血菌属等的相对丰度显著高于健康组；GIN组的不动杆菌属、动胶菌属、鞘脂菌属等的相对丰度显著低于对照组。不同H.pylori相对丰度分层分析显示：H.pylori相对丰度越高,HC组和GIN组的菌群物种多样性越低。在门水平,低、中、高组GIN患者的相对丰度均较高的是厚壁菌门,较低的是浮霉菌门、螺旋菌门等。属水平,三组GIN患者的相对丰度均较高的是乳杆菌属等,较低的是动胶菌属、鞘脂菌属、氢噬胞菌属等。PCoA、UPGMA聚类分析显示：健康人群和GIN患者菌群结构存在显著差异,组间聚类明显。且无论H. pylori目对丰度高低,在同一H. pylori丰度水平的疾病和健康组间的菌群结构均存在显著差异,组间聚类明显。但组内胃窦和胃体之间,胃窦／胃体正常黏膜和病变黏膜之间,以及低级别和高级别上皮内瘤变患者之间胃内菌群结构相似,无法完全聚类分开。结论：胃上皮内瘤变患者胃黏膜相关微生态物种多样性显著低于健康人群,群落结构也与健康人群有显著区别,提示胃上皮内瘤变与胃黏膜微生态变化可能存在一定关系。