药用真菌开发利用前景广阔,但是药用真菌的发酵、栽培周期普遍较长;种质资源和菌种制备作为药用真菌开发利用的基础保障,却存在很多不足:药用真菌种质资源不清、液体菌种质量缺乏评判标准。药用真菌灵芝（Ganoderma lingzhi）的栽培多采用固体菌种模式,栽培周期长达三个月,如采用液体菌种进行生产能缩短一个月左右;野生药用真菌裸脚菇属菌（Gymnopus sp.）0612-9,其发酵液具有强烈抑制柑橘青绿霉作用,潜在开发成生物防腐剂的价值。但是,其后续发酵周期长达12d,产出能耗大且效率低。采用ITS序列测定并构建系统发育树、活性物质HPLC指纹图谱对6个菌株分类地位进行确定,菌丝生长速率法比较菌株生物学特性;摇瓶培养法培养液体菌种,单因素筛选、正交试验法优化对液体培养基、培养条件进行优化,取样计数法和过滤称重法分别测定液体菌种菌球数,碘-淀粉法测定淀粉酶活力,ABTS法测定漆酶活力;摇瓶培养法进行后续发酵,通过牛津杯法、HPLC检测法追踪裸脚菇活性物质,香草醛-高氯酸显色法测定灵芝三萜产量,菌丝吃料速率法比较液体菌种活力。结果表明:6个菌株中有1株裸脚菇（Gymnopus sp.）,4株灵芝（Ganoderma lingzhi）,1株无柄灵芝（Ganoderma resinaceum）,各物种营养需求特征差异明显,根据营养需求特征、灵芝指纹图谱差异可将5株灵芝分成4类（25#和26#一类、38#、50#、51#各自为一类）,且两种分类结果一致,不仅验证了化学分类的可行性,还说明生物学特性也能作为辨别品种的方法。裸脚菇最佳液体菌种培养基组成为:玉米粉30g/L、麦芽糖10g/L、蛋白胨15g/L,KH2PO4 2g/L、Mg SO4·7H2O 1g/L,培养条件:初始p H 5、250m L三角瓶装液量100m L、接种3块Φ7mm菌块、28℃、转速160r/min。优化后,裸脚菇后续发酵接种参数:使用种龄9d的液体菌种、接种量7.5%,液体菌种优化后裸脚菇后续发酵周期从12d缩短至5d,活性物质Ⅱ产量提高了8.28%。5个灵芝菌株液体菌种培养基组成为:玉米粉20g/L+黄豆饼粉20g/L（25#、26#）;玉米粉10g/L+黄豆饼粉30g/L（38#、50#、51#）,培养条件为p H自然、250m L三角瓶装液量100m L、接种3块Φ7mm菌块、28℃、转速160r/min。优化后,灵芝后续发酵接种参数:25#、26#、50#菌株种龄5d,38#菌株种龄4d,51#种龄6d,接种量均为10%。液体菌种优化后5个灵芝后续发酵周期均缩短1d,三萜产量均有所提高:25#菌株三萜产量提高19.1%;26#菌株三萜产量提高17.2%;38#菌株三萜产量提高27.0%;50#菌株三萜产量提高23.7%;51#菌株三萜产量提高35.9%。5个灵芝菌株液体菌种优化后吃料速度比优化前均有所提高:25#提高33.2%、26#提高29.5%、38#提高10.1%、50#提高23.5%、51#提高38.2%。5个灵芝菌株的吃料速度均与菌球数成正相关,相关系数大于0.85,因此可将菌球数作为快速评价灵芝液体菌种活力的依据。通过多元回归拟合确定灵芝子实体、孢子的多糖和三萜产量与培养基主要营养成分粗蛋白、粗纤维、粗脂肪、可溶性总糖的相关性方程,根据方程计算得到子实体功能成分高产配方A和孢子功能成分高产配方B。