事业单位为社会提供科技、教育、文化、卫生等非物质生产活动以及劳务服务。近几年来,随着经济的发展,事业单位的内部管理水平不断提升,但是总体上看,内部控制体系还比较薄弱,系统、完整的内部控制体系建设机制还没有形成。同时,社会公众对事业单位的经费使用以及公共服务效率的期望越来越高,这就要求事业单位必须建立健全完善的内部控制体系,不断满足自身发展和外部的客观要求。与事业单位相比较,企业在内部控制体系建设的理论和实践更为成熟。本文运用比较学理论,通过对事业单位与企业在内部控制目标范围、内部控制组织体系、风险评估、控制活动以及内部控制评价五个方面进行比较研究,初步总结出事业单位内部控制体系建设的现状与存在的问题,包括内部控制的规范体系不健全、对内部控制体系建设认识不清、员工的内部控制管理能力不强、风险评估工作不完善、缺乏有效的内部控制评价、内部监督机制不健全等。为了有效解决上述这些问题,论文进行了分析并提出了六方面的建议,第一是不断的完善事业单位内部控制规范,第二是明确事业单位内部控制的体系建设的实施路径,第三是加强事业单位内部控制专业人员的培养,第四是建立风险评估及动态监控长效机制,第五是建立内部控制评价长效工作机制,第六是进一步加强审计监督等。