“三权分置”在新修订的《农村土地承包法》中已得到正式认可,土地承包方在保留土地承包权的情况下,可以在土地承包经营权之上设定土地经营权来实现经营主体的变更。“三权分置”中的“三权”主要指土地所有权、土地承包经营权和土地经营权,三者之间是彼此的派生关系。土地经营权的流转打破了土地承包经营权受让主体的限制,可以流转到多种形式的农业经济组织中,既增加农户流转土地的积极性,又能获得较高的农业收益。“三权分置”下的土地经营权入股,是深化农村土地制度改革的有效手段,实现了小农户和现代农业的有机衔接,其入股方式在各地多样化存在,本文中的土地经营权入股,主要是将专业合作社的土地经营权入股公司这一模式作为主线来阐述。作为官方提倡的实践创新做法,土地经营权入股大多采取“政策先行”的模式,相关法律欠缺或是不足,实践中土地经营权入股所引发的法律问题频出。如何客观看待当前土地经营权入股过程中的诸多问题,逐步实现土地经营权入股的法治化,具有重要的理论意义和实践价值。论文共分为三个部分,通过分析“三权分置”下土地经营权入股中存在的法律问题,并试图提出相关建议和完善之道。第一章“三权分置”下的土地经营权,分析从“一权结构”、“两权分离”到“三权分置”的发展过程,对“三权分置”和土地经营权的深层次剖析,认为土地经营权是一种物权化的债权,土地经营权入股是农地规模化经营的必然选择。第二章“三权分置”下土地经营权入股的法律问题,对入股中的实践状况和困境问题进行分析,指出土地经营权入股在农民股东保底分红,参与管理,农民股东破产后的保障等方面存在的问题。第三章土地经营权入股法律问题的完善,针对存在的问题,提出解决之道,主要包括:保底分红问题上采取“先出租后入股+优先股+入股履约保证保险”方案;农民股东参与公司管理问题上采取“机构股东+集体股东+经营权人”共同治理方案;公司破产问题上采取“优先购买权+入股保险”方案等。