【摘 要】
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本研究建立了一套甲基化结合蛋白富集甲基化DNA的方法,是通过构建MBD2b蛋白表达系统,表达MBD2b蛋白,制作了GST-MBD2b蛋白层析柱,用于蛋白结合甲基化的DNA。同时根据UCSC人类
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本研究建立了一套甲基化结合蛋白富集甲基化DNA的方法,是通过构建MBD2b蛋白表达系统,表达MBD2b蛋白,制作了GST-MBD2b蛋白层析柱,用于蛋白结合甲基化的DNA。同时根据UCSC人类基因组CpG岛序列,设计了全基因组CpG岛甲基化检测芯片,该芯片覆盖了28000多个CpG岛。构建了基于免疫共沉淀的ChIP on chip方法的全基因组甲基化分析方法,主要利用上述特异性亲合甲基化DNA的MBD2b蛋白富集甲基化DNA,再利用全基因组CpG岛芯片对富集后样本进行分析。本研究同时探讨了另外一种全基因组甲基化DNA的检测方法,即通过MBD2b蛋白富集甲基化DNA后,直接利用二代测序技术分析,即ChIP-Seq的方法。本次研究并利用此方法展开了对肝癌组织甲基化异化谱的研究,通过MBD2b蛋白富集系统联合第二代测序技术检测了1对样本(肝癌及癌旁)的甲基化异化谱。并选取部分基因位点进行了验证。证明这种方法是可行的。
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