2015年10月发布的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十三个五年规划的建议》中明确要求坚持创新发展,着力提高发展质量和效率,在2015年12月30日中央政治局会议通过的《关于全面振兴东北地区等老工业基地的若干意见》中重点强调东北地区要着力鼓励创新创业,把创新作为东北内生发展动力的主要生成点。在过去的20年间,东北三省(黑龙江、吉林、辽宁)科研人员人数占全国科研人员总数比重下降了6.6%。东北三省R&D强度(R&D/GDP)仅增长0.09%,远低于全国平均水平(1.51%)。现有的研究表明,09年以来创新对于东北三省经济发展的支持率仅为49.3%,位于四大地区末端。创新能力不足严重阻碍东北产业升级和结构调整,致使当前东北经济低迷。东北经济在当前面临严重挑战,因此对东北三省创新能力的研究和影响因素的研究尤为重要。鉴于此,本文使用DEA—Malmquist方法在对比1994~2015年间东北、东部、中部和西部地区之间创新效率及创新全要素生产率(TFP)差异的基础上,分析了东北三省内部创新效率及创新TFP的时空演变特征,并运用PVAR模型对东北三省创新效率的内生变变量进行格兰杰因果检验和发展趋势进行了预测。研究表明:(1)从空间格局上看东北三省创新效率增速略高于西部地区,但低于中部和东部地区;(2)东北三省创新效率增长的主要动力来源于技术进步,在东北三省内部吉林省创新效率的增长最快,其增长动力主要源于纯效率变化,其次为技术进步;而辽宁省和黑龙江省创新效率的动力主要是技术进步;(3)预测显示东北三省创新效率增长幅度未来会逐渐放缓,其增长的主要动力将会由技术进步转变为规模效率的改进。