举世瞩目的三峡大坝于2009年竣工,形成总库容393亿立方米的大型内陆河流型水库.水库水体与原来长江自然河流型水体相比,在流速、水体滞留时间、氮磷营养盐含量、水温,光照环境条件方面都存在有较大差异。为保证完成防洪、发电、航运的综合性任务,三峡水库采取的是典型的“冬蓄夏排”的反季节的蓄水方式：即在冬季枯水期蓄水至175米,夏季丰水期(洪汛期)水位维持在145米左右,以保证基本航运需要。175米蓄水后,三峡水库长江干流重庆段形成了有明显差异的三类型水体：1)未受蓄水影响的完全自然河流型水体(Natural riverine zone),其水位高于175米最高蓄水位,位于重庆江津至以上河段,是三峡水库的主要入库水流来源；2)过渡性水体(Transition zone),该水体在145米蓄水时为完全自然河流水体而在175米蓄水时为类湖泊性水体,位于长江重庆江津至涪陵段；3)常年趋于静止的类湖泊型水体(Analogous lacustrine zone),水位低于145米,其位于重庆涪陵至大坝段。不同类型水体在流速,营养盐浓度等理化条件方面存在显著差异,而浮游植物作为水生生态系统的初级生产者对于环境的细微变化敏感,对整个生态系统的稳定和健康也发挥着重要作用。本研究分别于2009年9月、2010年1月、3月、9月、2011年1月先后5次对不同蓄水期的三峡库区重庆段长江干流的浮游植物和水体理化环境情况进行调查研究,旨在探索三峡库区长江干流重庆段浮游植物群落对水体理化环境变化的相应,研究周期性蓄水对浮游植物群落结构的影响,为三峡水库水资源保护和水体质量安全预警提供科学依据。研究结果如下：1.调查期间三峡库区长江干流共检测出藻类476种(含变种),其中硅藻种类和数量上均占优势,其次为绿藻、蓝藻,最少为黄藻。各群落指标仍呈现亚热带河流型水库的季节变化趋势：春季绿藻,隐藻占优势,夏季蓝藻所占比例增加,冬季硅藻占绝对优势,但不同类型水体对季节的响应程度不同。无论哪个季节,优势藻种均以硅藻门为主体,其次是蓝藻和绿藻。从不同类型水体来看,三类型水体在2009年9月三峡水库蓄水前,均以硅藻为绝对优势藻种,其次是蓝藻,并且随着水体流速降低,水体类型的变化,有更多蓝藻成为优势藻种。然而到2010年1月蓄水中期,三类型水体优势藻种中无蓝藻,均以硅藻为优势种并且硅藻种数依次减少,进入2010年3月春季蓄水后期,类湖泊型水体中的优势藻绿藻门的藻种类数较前面两次调查有所增加,绿藻藻密度及所占比例在类湖泊水体中也增加到最大,优势度也大于该水体硅藻门的藻类。到2010年9月三峡水库蓄水前,三类型水体均含有蓝藻门的小颤藻(Oscillatoria tenuis)为优势藻种,蓝藻的优势度较2009年9月蓄水前增加,类湖泊型水体中蓝藻所占比例达到63.8%。2011年1月的情况与2010年1月的情况类似,三类型水体的优势种仍然无蓝藻,绿藻优势种的优势度随着水体类型的改变(由河流型向类湖泊型水体过渡)而逐渐增加。在多样性指数方面,Shannon-Wiener多样性指数类平均值2.43, Margalef多样性指数平均在2.22,均匀度数值,总平均0.74。多样性指数总体呈现出河流型水体>过渡型水体>类湖泊型水体,类湖泊型水体多样性指数夏秋季>冬季>春季,而自然河流型和过渡型水体冬季多样性指数低于其他季节。2.对于调查期间,不同类型水体的的理化指标变化以及与群落的相关性分析,结果显示：流速河流型>过渡型>类湖泊型水体,并且由于蓄水原因存在周年变化。营养盐方面,总氮含量各水体之间无显著性差异,在1.09～3.78 mg/L之但湖泊型水体的TN含量是高于其他两类型水体的。总磷含量介于0.09～1.41 mg/L之间,均要高于国际富营养化标准0.2mg/L和0.02mg/L。通过PCA和逐步回归分析可以得出相对于其他水质参数来说,水体的流速、氮磷比和透明度的含量变化对于库区干流浮游植物群落的影响比较大。3.通过指示生物法和多样性指数评价方法对于调查期间不同类型水体的水质评价进行评价,结果显示调查结果表明,不论何种季节和何种水体,三峡库区重庆段长江干流中作为β-多污带的指示藻类种类种类最多,表明所有采样点的水体水质大致属于轻到中度污染。但是各取样时间和不同类型同类型仍存在细微区别。从采样时间上来说,2010年3月、2010年9月指示α-多污带的藻种要明显多于其他采样时间,表明该时间内水体污染程度更加严重。对比前人研究,三峡库区干流重庆段的水质也可能有污染加重的趋势。蓄水导致了三类型水体在流速等水动力学条件上差异较大,在与季节因素的交互作用下(主要是事宜的光照和水温条件),使得某一些季节(春夏季)的水体类湖泊型浮游植物群落结构不稳定,更易爆发“水华”。