柑橘是世界上重要的果树。原生质体融合技术能有效克服柑橘有性杂交过程中遇到的多胚性、雌和／或雄性器官败育等生殖障碍，为柑橘品种改良提供了新的途径。对柑橘体细胞杂种进行核质遗传研究，有利于从遗传本质上认识柑橘体细胞杂种，研究其核质互作，了解其核质组成对体细胞杂种田间表现的影响，为选配融合亲本提供理论指导，为柑橘体细胞杂种应用于实践奠定基础。本研究采用SSR、cpSSR和CAPS标记对10个柑橘属间、种间体细胞杂种进行核质遗传鉴定和分析。主要结果如下： 1．融合植株的倍性测定：在所有融合组合中，红橘+枳橙、丹西红橘+枸头橙、朋娜+粗柠檬、金诺橘+本地早橘四个组合的再生植株均为四倍体；丹西红橘+粗柠檬和佩奇橘柚+伏令夏橙2个组合的再生植株既有二倍体也有四倍体；金诺橘+凤梨甜橙、金诺橘+锦橙、金诺橘+枸头橙、默科特橘橙+暗柳橙四个融合组合的再生植株为二倍体。 2．经SSR鉴定：红橘+枳橙、丹西红橘+枸头橙、朋娜+粗柠檬、金诺橘柚+本地早橘为四倍体体细胞杂种，金诺橘+枸头橙为二倍体杂种，其他组合为胞质杂种。在金诺橘+枸头橙、佩奇橘柚+伏令夏橙杂种植株中检测到双亲没有的新带型；红橘+枳橙杂种植株中检测到特征带的丢失现象；而在丹西红橘+枸头橙的杂种植株中，既检测到双亲没有的带型，也检测到亲本特征带的丢失现象。表明融合过程中存在遗传重组现象。 3．经cpSSR鉴定：本试验中所检测的体细胞杂种，其叶绿体表现为单向随机遗传，但在“红橘+枳橙”组合的6号再生单株中检测到双亲叶绿体共存现象。 4．“红橘+枳橙”、“丹西红橘+枸头橙”、“朋娜+粗柠檬”的CAPS分析中，线粒体DNA均表现倾向来源于悬浮系亲本。而对朋娜+粗柠檬的测序结果表明，该组合再生植株mtDNA发生了重组。 本文还对柑橘体细胞杂种的遗传变异、SSR方法的优缺点和mtDNA向核转移现象进行了讨论。