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杂种优势是自然界中普遍存在的一种生物现象。自上世纪七十年代开始,中国开始快速推广应用水稻的杂种优势,这为我国的粮食增产和粮食安全做出了巨大贡献。然而水稻杂种优势的机理仍未完全阐述清楚,这导致在杂交水稻育种选配杂交组合时,很大程度上依赖育种者的育种经验。如何科学地预测水稻杂种优势是杂交水稻育种者迫切需要解决的问题。利用分子标记绘制的水稻分子指纹可以很好的展示水稻品种间的遗传差异,而这种遗传差异与水稻的杂种优势存在一定的相关性。本研究以农业部行业标准(NY/T1433-2014)中的33个参照品种和两个不育系T91S、培矮64S,以及配组的66个杂交组合为研究材料,研究水稻分子指纹48对SSR引物与杂种优势的关系,主要得到以下研究结果:1、对供试亲本水稻品种的主要经济性状分析,其经济性状变幅较大。籼型父本的变异系数变幅在7.11%~29.23%之间,粳稻父本的变异系数变幅在10.53%~28.10%之间。2、利用水稻分子指纹48对SSR引物对供试水稻品种绘制分子指纹,根据水稻分子指纹对供试品质进行遗传差异分析。结果显示,两个不育系之间遗传距离为0.351,基因杂合度0.468;不育系T91S、培矮64S与父本间遗传距离范围分别为0.269~0.456,0.322~0.423之间:表明亲本间存在着较大的遗传差异。依据遗传相似系数聚类分析将33个参照品种水稻品种分为三大类:一类为19份籼稻材料,另一类为12份粳稻材料,第三类为具有粳稻血缘的2个籼稻材料。3、遗传距离与杂交组合的杂种优势相关性分析表明,T91S与籼型父本配组的杂交组合亲本间遗传距离在0.269~0.300之间时,遗传距离与生育期、穗长超亲优势呈现正相关,与千粒重超亲优势负相关,且达到显著水平。培矮64S与籼型父本配组的杂交组合亲本间遗传距离在0.390~0.433之间时,生育期与遗传距离达到正向极显著相关性,穗长与遗传距离达到正相关。4、利用48对SSR引物绘制的水稻分子指纹计算杂交组合基因杂合度与杂种优势相关性分析表明,T91S与籼稻父本杂交组合中基因杂合度在0.532~0.744之间,生育期、株高、穗长超亲优势相关性达到显著;T91S与粳稻父本杂交组合中基因杂合度在0.800~0.893之间,穗长、每穗总粒数、每穗实粒数、单株产量超亲优势相关性达到显著水平;培矮64S与籼稻父本杂交组合中基因杂合度在0.447~0.691之间,每穗总粒数、单株产量超亲优势相关系数达到极显著;培矮64S与粳稻父本杂交组合中基因杂合度在0.600~0.691之间,每穗总粒数超亲优势相关性达到极显著水平。其余农艺学性状与基因杂合度相关性未达到显著水平。5、水稻分子指纹48对SSR引物与杂交组合的杂种优势关联分析表明,主要经济性状与一些特定引物对应的特定条带表现出较强杂种优势,分子指纹带型可以为杂种优势的预测提供一定的指导意义。