促进科技成果转化、加速科技成果产业化,已经成为世界各国科技政策的新趋势,知识产权保护不力是影响制约转化运用的核心问题。实践中保护水平低主要体现为实际侵权赔偿标准过低、维权难度大等,这会严重影响科技成果转化和创新的积极性。因此赔偿问题对于成果转化保障制度的完善、创新积极性的提高等都有着重要意义,这也决定了实践中对于转化成果的保护制度的完善要在符合市场价值规律的基础上提高赔偿数额,合理平衡各方利益,注重对赔偿问题的论证,增加各方对赔偿数额的认可度。当前的专利侵权赔偿制度的问题主要集中在:一是等同原则的适用,相关规定并不完善,适用不规范。二是对司法实践中过多的适用法定赔偿的计算方式,导致赔偿数额偏低,这种程度的赔偿标准在当前技术的价值越来越高的前提下是明显不符合市场标准的,并且这远远低于发达国家的赔偿水准。三是双轨制下的司法保护与行政保护的不协调导致权利人维权难度加大,并且也导致了双轨制之下的保护成果并没有达到预期的效果。通过对上述问题的分析,提出以下建议;一是完善等同原则的适用体系、在法律中正式规定等同原则的适用,对于适用的具体范围、相对性的适用排除性制度、具体的技术特征的等同认定标准都在相应规定中明确化;二是提高法定赔偿制度的限额,增加其他赔偿方式的适用比例,提高赔偿数额,赋予法官在案件审理过程中对赔偿金额的自由裁量权这样确定赔偿数额可以有效避免之前的计算方式所存在的“全有全无”的问题和赔偿金额偏低的现象,使判决的赔偿数额更公正合理,符合市场价值。