在行政体制改革中，垂直管理作为中央对地方进行调控的重要手段有不断被强化的趋势。较早是在海关、税务、工商等部门实行，之后质量技术监督、国土资源等部门与地方开始脱钩，而目前呼声最高的则是对审计、环保、安检等部门实行垂直管理。垂直管理是我国政府管理中的一大特色，这一管理模式正深刻地影响着我国经济、社会、政治的方方面面，引起了社会各界的广泛关注。　　总体看来，垂直管理的行政管理体制，在避免地方政府的干扰，保障中央各种政策的有效实施，增强国家宏观调控能力，提高工作效率、质量和管理效果等方面发挥了重要作用，有利于主管部门在更大范围内进行人员调动、资金配置、增加设备，实现行政资源的优化配置。但这种体制并不完善，不能完全摆脱地方干扰;且监督不全面，容易滋生腐败行为;存在弱化基层地方政府职能的问题;容易形成不公平效应;“收支两条线”没有彻底落实，垂直管理效果受影响等等问题都对垂直管理体制的实施效果造成了一定程度的影响。　　本文通过对落实部门预算来完善垂直管理体制的问题进行了探讨，共四部分。　　第一章对垂直管理体制作了系统介绍。阐述了垂直管理体制的内涵，概括了垂直管理部门的特征，指出了现行垂直管理存在的缺陷，并分析了产生这些缺陷的原因。　　第二章对部门预算改革作了简要阐述。阐述了部门预算的内涵、改革的基本内容、原因及其重要意义，介绍了垂直管理机构部门预算的现状及存在的问题。　　第三章以美国FDA为例，从美国FDA的经费使用入手，分析了国外垂直管理在经费使用上对我国垂直管理机构预算管理的启示。　　第四章提出了垂直管理机构预算模式的政策建议与制度安排，阐述了垂直管理机构实行部门预算应遵循的原则，并提出了垂直管理机构实行部门预算的政策建议及相应的配套措施。