梨（Pyrus.L）属于蔷薇科植物，在中国从寒冷地区到热带地区，从西部高原到东部沿海均有种植。中国是东方梨的主要起源中心，且种质资源丰富。在梨的传播过程中，形成三个多样性中心，即中国中心，中亚中心和近东中心。SSR标记在梨中具有高度多态性和共显性遗传，可以用于评估遗传多样性，阐述遗传关系与进化路线。由于微卫星在梨属甚至整个蔷薇科家族中具有多态性丰富，可重复的共显性遗传与可转移性，被证实是可用的遗传标记并且具有等位基因可变特性等优异特点。SSR标记和叶绿体分子标记分别来自核基因组和叶绿体基因组，它们可以相互补充并且更全面的阐述某一现象。　　本研究使用131份梨资源（66份西洋梨，33份新疆梨，4份秋子梨，15份白梨，2份褐梨，2份杏叶梨，4份术梨，1份沙梨，吉尔吉斯斯坦的Kai-4，Kai-9及塔吉克斯坦的Pu-0234和Pu-0234），应用17对SSR引物和5对叶绿体DNA引物用于评价中国西部和欧洲梨种质的遗传多样性，阐述中国西部梨种质与欧洲梨种质的系统发育关系及揭示分化路线。　　所有SSR标记均具有多态性，在131个种质中共获得377个等位基因。通过多样性统计发现中国梨种质的遗传多样性高于西洋梨种质（中国西部梨种质的Ho和He分别为0.65和0.84，而西洋梨种质为0.57和0.73）。通过聚类分析发现东方梨种质具有遗传相关性。PCoA分析显示除了杏叶梨和木梨-3相近于西方梨种质，两个地理群体之间的种质存在巨大的差异。通过群体结构分析也表明了大多数东方与西方种质资源具有巨大差异，除了乞力阿木特，夏脆，长把，八角梨，奎克阿木特，油饺团，杏叶梨及木梨-3与西洋梨亲缘关系较近，这些结果与PCoA分析一致。通过Custer和PCoA分析，把所有种质分成两个种群是最佳选择，且所有中国梨种质的遗传关系均相近。　　使用5对cpDNA通用引物对中国和欧洲梨种质的遗传多样性进行评价。trnL-trnF-1，trnL-trnF-2，trnS-psbC，rbcL和accD-psaI的单倍型数目分别为三种，七种，四种，三种和十种单倍型。Hd(0.7348)值在accD-psaI高变区中最大。Vh和Sh的最大值均在accD-psaI中检测到(Vh=0.00236，Sh=0.049)，而最小值均在rbcL检测到(Vh=0.00044，Sh=0.021)。Tajimas D值的最小值在accD-psaI（-0.14472）中检测到而最大值在rbcL(2.82532)检测到。多态性分离数为10，单倍型多样性为0.8333，K平均数为14.000，最大核苷酸多样性为0.00302。除多态性分离数外，东方梨种质中所有指标的最高值均高于西方梨种质。　　通过分析高变区和基因间隔在9个物种中共检测到15个单倍型。中国梨种质资源检测到H-2至H-15单倍型，两方种质中检测到H-1至H-6单倍型。未知种质与西洋梨种质中未检测到H-7至H-15单倍型，且所有东方种质中未发现H-1单倍型。通过对资源单倍型的地理分布进行分析，国外梨种质资源具有H-1，H-5和H-6单倍型，新疆梨、白梨、属于PO群体的Kréd Sobieshi与Menie资源具有H-2单倍型，H-3单倍型主要存在与国外梨种质中，而东方梨种质具有的单倍型几乎在新疆梨中检测不到，表明西洋梨与新疆梨种质显示出相近的遗传关系，H-2和H-4分别从新疆到波兰与新疆到保加利哑的途中发生了基因导入.H-3是从吉尔吉斯斯坦到新疆途中发生了基因导入，新疆可能是东西方梨资源进化的重要地方点，基因渗透可能发生在此条线路上。