作为产业链中的重要环节,棉花生产直接关乎到我国棉农利益、棉花产业及棉纺织业的发展。自加入WTO以来,我国棉纺织业快速发展,扩大了对棉花需求,但是,受金融危机以及近几年劳动力和农业生产资料成本的影响,我国棉花失去了国际竞争优势,国内棉纺织业对国际棉花的依存度高居不下。长期来看,过多依赖进口将不利于我国棉花产业的健康发展。数据显示,我国棉花生产过程中消耗了大量的农业化学品,产生了大量的温室气体。我国棉花面临提高生产效率和保护生态环境双重挑战。国家提出的“乡村振兴战略”对大宗农产品深化农业供给侧改革提供了良好机遇。因此,考虑碳排放因素下的我国棉花全要素生产率不仅能更准确地评估我国棉花产业的增长效率,而且有助于认识我国棉花的生产是否符合“绿色生产”的发展要求。选择我国11个植棉区为研究对象,以2002-2016年为研究期,运用SBM模型测算了我国棉花生产技术效率,运用Malmquist-Luenberger指数模型方法测算了我国棉花全要素生产率。研究结果表明:（1）我国棉花传统技术效率均值为0.738,表现为无效率,并且棉区之间的技术效率值差异较大。棉花环境技术效率均值为0.749,比传统技术效率值提高了0.9%。从时间和棉区角度看,随着时间的推移,我国棉花产业朝着“绿色生产”发展;我国部分棉区的棉花环境技术效率比传统技术效率值有所降低。整体来看,我国部分棉区尚未实现棉花生产与环境和谐相处。（2）劳动力投入多和产出不足是棉花传统技术效率的主要成因。考虑碳排放后,投入过剩和非期望产出过多成为导致无效率的主要成因。（3）我国棉花传统全要素生产率均值为0.985,表现为负增长。我国棉花环境全要素生产率为1.004,表现为正增长,比传统棉花全要素生产率增加了1.9%。从时间和棉区角度看,随着国家对环境保护的重视,我国棉花产业向环境友好型方式转变;大部分棉区的棉花环境全要素生产率有所上升,但陕西、江西、新疆棉区有所降低。类似技术效率,我国棉花整体上表现为“低碳”发展方式,但是部分棉区存在环境污染问题。（4）不考虑碳排放下,技术进步效率是带动全要素生产率变化的主要原因。考虑碳排放约束条件下,技术进步效率对我国棉花环境全要素生产率增长的促进作用减弱,技术效率逐渐成为棉花环境全要素生产率增长的主要原因。