长江经济带自东向西贯穿我国中部,是我国除沿海开放地区外,经济密度最大的经济地带,战略意义重大。长三角城市群作为长江经济带上的东部沿海发达城市群,具有先发优势与辐射带动作用,而中三角城市群作为长江经济带上的衔接过渡带,是连接西部落后地区与东部发达地区的桥梁,更是中部崛起的支撑地带。因此,结合创新驱动的发展战略背景,中三角城市群与长三角城市群的协同创新驱动的课题研究意义重大。依据城市群协同创新系统的内涵与演化路径,城市群协同创新驱动因素主要有创新比较优势(CIA)、创新要素流动(IEF)、创新网络形成(INB),解析三大因素对城市群协同创新的影响机制；在此基础上,运用协同学的哈肯模型,运用2000-2013年间相关数据,分别对中三角城市群内城市协同创新与长三角城市群内城市协同创新驱动因素进行序参量识别,并对序参量识别结果进行比较分析。结果表明：创新比较优势(CIA)是2000-2013年中三角城市群协同创新系统演化的序参量,创新要素流动(IEF)为快变量；整体而言,中三角城市群协同创新系统演化尚处于创新比较优势(CIA)驱动的初级阶段,城市群内城市的协同创新水平值相对差距较大,提升城市群整体协同创新水平的关键是创新比较优势的升级转变；创新网络形成(INB)是2000-2013年长三角城市群协同创新系统演化的序参量,创新要素流动(IEF)为快变量；整体而言,长三角城市群协同创新系统演化尚处于创新网络形成(INB)驱动中级阶段,城市群内城市的协同创新水平较为均衡,提升城市群整体协同创新水平的关键是创新网络结构的优化；2000-2013年中三角城市群(黄冈市除外)和长三角城市群各城市协同创新水平值均呈上升趋势,且长三角城市群内各城市的协同创新水平值的上升幅度大于中三角城市群内各城市的协同创新水平值上升幅度。最后,提出针对性政策建议。