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五唇兰(Phalaenopsis pulcherrima),东亚特有兰科植物,在我国仅存在于海南岛的西南部山区。近年来,由于人为过度利用野生资源及生境破坏等原因,野外五唇兰资源日益匮乏。本文采用简单重复序列区间(Inter-Simple Sequence Repeats, ISSR)及相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymorphism, SRAP)2种分子标记技术对来自海南岛的尖峰岭、乐东、霸王岭等8个自然种群进行了遗传多样性及种群遗传分化的分析,旨在从分子水平探讨五唇兰海南岛自然种群的遗传多样性和濒危机制,并制定出合理的保护措施。主要研究结果如下：1、通过60条ISSR引物与17个正向引物和20个方向引物共340对SRAP引物组合的筛选及反应体系的优化,获得12条ISSR引物及12对SRAP优选引物用于分子标记实验,首次建立了适合于五唇兰的ISSR-PCR及SRAP-PCR扩增体系。2、筛选出的12条ISSR引物对五唇兰8个自然种群共85份样品进行了扩增,共检测到80条清晰、稳定条带,其中70条具有多态性,多态位点百分比例(PPB)为87.50%,Nei’s多样性指数(He)为0.3431,Shannon信息指数(Ho)为0.4986。在种群水平上,PPB=60.31%,He=0.2555,Ho=0.3684。五唇兰具有较高的遗传多样性。AMOVA分析表明,11%的遗传变异发生在种群间,表明种群间具有一定程度的遗传分化,与种群遗传分化系数(Gst=0.2413)的结果基本一致。3、筛选出的12对SRAP引物对五唇兰8个自然种群共85份样品进行了扩增,共检测到221条清晰且稳定的带谱,其中200条具有多态性,多态位点百分率为90.5%,Nei’s基因多样性指数(He)和Shannon信息指数(Ho)分别为0.3232和0.4811。在种群水平,PPB=61.43%,He=0.2417,Ho=0.3537,表明五唇兰物种水平的遗传多样性高于种群水平。种群间的遗传分化系数Gst为0.2409,表明24.09%的遗传变异发生在种群间；AMOVA分析表明13%的遗传变异发生在种群间,说明五唇兰虽然存在一定的种群分化,但主要的遗传变异存在于种群内。4、通过ISSR和SRAP 2种分子标记的分析,结果表明,五唇兰在物种和种群水平均具有较高的遗传多样性,其中物种水平的遗传多样性要高于种群水平。遗传多样性最大的种群出现在乐东地区、霸王岭王下地区的种群具有较远的遗传距离。在五唇兰的保育实践中,需要重点保护乐东及王下地区遗传多样性较高且遗传分化较大的种群。5、ISSR和SRAP标记所显示的基因流Nm=分别为1.5717和1.5754,说明五唇兰种群间存在一定的基因交流。五唇兰种群小且分散,但却具有较高的遗传变异,地理距离较远的种群也存在一定的基因流,表现为“集合种群”；其生境隔离与生境片段化可能是近期出现的。因此,需要特别保护种群间的生境连续性,以维持集合种群的基因流、利于种群的自然续存与恢复。