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本研究完成了利用分子模拟软件insightⅡ对三联体碱基对(mRNA—tRNA/DNA—RNA)所作的能量结构系统分析，首先建立64对三联体碱基对模型，再对其10种能量参数进行了计算，对结果进行相关性统计分析和群组分析，得出以下结论：1)溶剂化对三联碱基体能量变化影响较大，部分能量参数呈现显著相关；2)mRNA—tRNA三联体的情况较之DNA—RNA三联体碱基对复杂，仅键能参数对溶剂化的影响呈显著相关；3)群组分析可见GC对含量和G/A/U碱基的存在在结构上对三联体碱基对能量有较大影响。
本研究在SGI工作站上insightⅡ软件环境下模拟干细胞因子(SCF)和巨噬细胞集落刺激因子(M—CSF)的融合蛋白，并根据相对能量挑选出合适长度的连接肽以指导实验。然后采用同源模建方法对SCF和M—CSF的受体c—kit和c—fms进行了分子模建，最后根据文献建立了融合蛋白与各自受体结合的计算机模拟分子模型。对血液中ADP/ATP受体P2y12进行的分子模建以及建立打分矩阵对序列进行分析以预测结合位点，基于得到的三维结构模型所作的复合物结合情况，进行了小分子药物的分子对接，揭示了此蛋白质可能的三维结构和预测出的潜在结合位点的可信程度，同时对蛋白复合物进行能量分析佐证这些结合位点的结合机制，说明此分子在药物设计方面的意义。运用生物信息学手段构建人，小鼠，大鼠的转录因子蛋白质信息库，搜集了包括蛋白名称编号氨基酸一级序列和物化性质等一级库信息，编码RNA序列，motif统计等二级库信息，最后对人转录因子中的九类重要蛋白进行了序列比对和进化分析，找出了其相对保守的区域序列，并根据遗传距离作出了进化树。此蛋白质信息库同时可用于预测其他具有转录活性片断并对具体实验设计有指导作用。为探明实验中发现的具有可自动启动转录的纤维蛋白原受体GPⅢa β3亚基N末端转录活性片断(23 CAWCSDEALPLGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLS DKGSGDS 77)的作用机制，我们在SGI工作站上利用分子模拟软件insightⅡ对与此相关的具有转录激活功能的调节蛋白GAL4全分子(1-881)和GAL4分子DNA结合区BD(1-147)通过连接肽与GPⅢa(23-77)片段构成的融合蛋白进了三维结构模建，融合蛋白同GAL4整分子的叠加结果显示GPⅢa(23-77)片断与其中促进转录的AD区在三维形状和空间位置上近似。而进一步的分子相互作用分析结果提示AD区具有转录活性的机制可能是其富丝氨酸的酸性螺旋区770FNQSGNIADSSLSFTFTNSS792能与GAL4分子的BD区138 KGQRQLTVSI 148(潜在作用位点被框出)相互作用而促进转录；而GPⅢa(23-77)片段则更可能是在靠近BD的区域即GPⅢa 23CAWCSDEALPLGSPRCDLKE 43能同DNA上的转录激活序列(UAS—G)下游2-3bp的DNA：E(5—CCGGAGGACAGTCCTCCGGCCGGAGGAC-3)和D(5—GTCCTCCGGCCGGAGGTCAGTCCTCCGG-3)结合进而启动BD区的DNA结合功能，启动转录。