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microRNA(miRNA)是一类非编码的22 nt左右的小RNA,它广泛存在于各种生物体中,通过对靶mRNA的翻译抑制和降解对基因的表达起负性调节作用。miRNA参与了包括增殖、分化、凋亡、发育等很多生物过程。本研究构建了4周龄肉鸡脂肪和骨骼肌中小分子RNA的cDNA文库,脂肪文库中筛选出44个已公布鸡miRNA,共16种,39个与其他物种同源miRNA,共5种;骨骼肌文库中筛选出81个已公布鸡miRNA,共27种,31个与其他物种同源miRNA,共4种。通过进一步分析,预测出11个脂肪中潜在新miRNA,共9种,7个骨骼肌中潜在新miRNA,共4种。通过已测出的各种miRNA序列在鸡基因组中的定位,找到5个miRNA基因簇,其中4个基因簇各含有2个miRNA基因,1个基因簇含有4个miRNA基因。在测出的miRNA序列中,通过对相同miRNA序列分析,发现其中一些相同miRNA含有不同的序列,即miRNA序列存在多样性。采用生物信息学方法,运用miRNA靶基因预测软件miRanda和TargetScan对脂肪和骨骼肌中miRNA的靶基因进行预测,在脂肪的250个表达基因中预测出192个潜在靶基因,在骨骼肌的250个表达基因中预测出216个潜在靶基因。并对其中每个miRNA的潜在靶基因数和与每个潜在靶基因相互作用的miRNA数进行了统计。这些结果为进一步研究鸡脂肪和骨骼肌中miRNA的靶基因奠定了基础。运用TaqMan实时荧光定量PCR技术,结合stem-loop法对文库中的10个miRNA进行鸡12个组织表达量的检测。结果显示,gga-miR-133a和gga-miR-1a在肌肉中特异表达,提示它们在鸡肌肉的生长发育中可能起重要作用;gga-miR-122在肝中表达量最高,在脂肪中有少量表达,提示它可能参与鸡脂肪酸代谢和脂肪生长发育;gga-miR-22、gga-miR-199、miR-23a和miR-145在心肌和肌胃中表达量高,而在骨骼肌中表达量却很少,提示它们在不同的肌肉类型中可能起不同的作用;gga-miR-126、gga-miR-200b和miR-191在骨骼肌和脂肪中表达量都很低,提示它们可能在这两个组织中并不发挥功能。